Écologie microbienneL'écologie microbienne aborde la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux, avec leur milieu et/ou avec un hôle (holobionte). Les micro-organismes étant très nombreux, ubiquistes (présents partout dans le monde), très diversifiés, très adaptatifs, ont une importance primordiale dans de nombreux domaines.
Community (ecology)In ecology, a community is a group or association of populations of two or more different species occupying the same geographical area at the same time, also known as a biocoenosis, biotic community, biological community, ecological community, or life assemblage. The term community has a variety of uses. In its simplest form it refers to groups of organisms in a specific place or time, for example, "the fish community of Lake Ontario before industrialization".
Benthosvignette|La colonne d'eau et ses différents étages d'espèces. vignette|Représentation schématique du concept de l'halieute Daniel Pauly. Le benthos est l'ensemble des organismes aquatiques (marins ou dulcicoles), appelés benthontes, vivant à proximité du fond des mers et océans, des lacs et cours d'eau. Par opposition, on parle de pélagos (constitué du plancton et du necton) pour désigner l'ensemble des organismes qui occupent la tranche d'eau supérieure, du fond à la surface.
Ectosymbiosevignette|L'ectosymbiose entre le gui blanc (l'ectosymbionte) et l'arbre (son hôte) est obligatoire. L'ectosymbiose est l'association mutualiste ou parasitaire (symbiose) entre un organisme vivant (l'hôte) et un ou plusieurs autres plus petits (ectosymbiote) qui vivent sur la surface de son corps. Dans le cas des surfaces internes (cavités) telles que le revêtement du tube digestif et les conduits de glandes on parle de mésosymbiose (microbiote intestinal, microbiote oral).
BiodiversitéLa biodiversité désigne la variété des formes de vie sur la Terre. Ce terme est composé du préfixe bio (du grec , « vie ») et du mot « diversité ». Elle s'apprécie en considérant la diversité des écosystèmes, des espèces et des gènes dans l'espace et dans le temps, ainsi que les interactions au sein de ces niveaux d'organisation et entre eux. Lorsque la science cherche à évaluer la biodiversité d'un lieu particulier, les différents éléments des listes d'espèces, écosystèmes ou gènes sont pondérés en fonction de leur rareté.
Diversité bêtaLa diversité bêta (diversité-β) est une mesure de la biodiversité qui consiste à comparer la diversité des espèces entre écosystèmes ou le long de gradients environnementaux. Cela suppose de comparer le nombre de taxons qui sont uniques à chacun des écosystèmes. C'est le taux de variation en composition d'espèces dans l'ensemble des habitats ou parmi des communautés. Cela donne une mesure quantitative de la diversité des communautés des environnements changeants.
BiogéographieLa biogéographie est une branche à la croisée des sciences dites naturelles, de la géographie physique, de la pédologie, de l'écologie, de la bioclimatologie et de la biologie de l'évolution qui étudie la vie à la surface du globe par des analyses descriptives et explicatives de la répartition des êtres vivants, et plus particulièrement des communautés d'êtres vivants. En effet, les êtres vivants s'organisent pour donner des paysages différents que l'on appelle « formations » (dénommées le plus souvent selon leurs profils ou les formations végétales les composant).
Microbial loopThe microbial loop describes a trophic pathway where, in aquatic systems, dissolved organic carbon (DOC) is returned to higher trophic levels via its incorporation into bacterial biomass, and then coupled with the classic food chain formed by phytoplankton-zooplankton-nekton. In soil systems, the microbial loop refers to soil carbon. The term microbial loop was coined by Farooq Azam, Tom Fenchel et al. in 1983 to include the role played by bacteria in the carbon and nutrient cycles of the marine environment.
Viral sheddingViral shedding is the expulsion and release of virus progeny following successful reproduction during a host cell infection. Once replication has been completed and the host cell is exhausted of all resources in making viral progeny, the viruses may begin to leave the cell by several methods. The term is variously used to refer to viral particles shedding from a single cell, from one part of the body into another, and from a body into the environment, where the virus may infect another.
Extracellular polymeric substanceExtracellular polymeric substances (EPSs) are natural polymers of high molecular weight secreted by microorganisms into their environment. EPSs establish the functional and structural integrity of biofilms, and are considered the fundamental component that determines the physicochemical properties of a biofilm. EPS in the matrix of biofilms provides compositional support and protection of microbial communities from the harsh environments. Components of EPS can be of different classes of polysaccharides, lipids, nucleic acids, proteins, lipopolysaccharides, and minerals.
Symbiosethumb|upright=1.5|Association symbiotique d’une bactérie et de l’aulne dans un nodule fixé sur une racine. La symbiose (du grec , « avec, ensemble » et du nom , « vie ») est une association intime, durable entre deux organismes hétérospécifiques. Elle peut être obligatoire (stricte) ou facultative. Les organismes impliqués sont qualifiés de symbiotes ou de symbiontes (anglicisme) ; le plus gros peut être nommé hôte. La durabilité de l'association est relative et recouvre une part significative de la durée de vie d'au moins un des deux organismes.
PangénomeLe pangénome décrit la gamme complète de gènes dans une espèce. Il s'agit d'un sur-ensemble de tous les gènes de toutes les souches d'une espèce. L'importance du pangénome se pose dans un contexte évolutif, en particulier en rapport avec la métagénomique, mais est également utilisé dans un contexte plus large de la génomique. Le pangénome comprend le génome "de base" (appelé "core genome") contenant des gènes présents dans toutes les souches et le génome accessoire (appelé "accessory genome"), lui-même composé des gènes spécifiques des environnements (appelée "shell genome") et des "gènes uniques" spécifiques aux souches uniques (appelé "cloud genome").
