Publication

Graph Theory Meets Ab Initio Molecular Dynamics: Atomic Structures and Transformations at the Nanoscale

Wanda Andreoni, Fabio Pietrucci
2011
Journal Articles

Résumé

Social permutation invariant coordinates are introduced describing the bond network around a given atom. They originate from the largest eigenvalue and the corresponding eigenvector of the contact matrix, are invariant under permutation of identical atoms, and bear a clear signature of an order-disorder transition. Once combined with ab initio metadynamics, these coordinates are shown to be a powerful tool for the discovery of low-energy isomers of molecules and nanoclusters as well as for a blind exploration of isomerization, association, and dissociation reactions.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/40975dce-18b5-4fc0-947d-fcfa95363559

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Concepts associés (32)

Groupe de permutations

En théorie des groupes (mathématiques), un groupe de permutations d'un ensemble X est par définition un sous-groupe du groupe symétrique SX. On parle d'un groupe de permutations de X ou, s'il n'est pas nécessaire de préciser l'ensemble X, d'un groupe de permutations. Pour un ensemble X, nous désignerons ici par SX et nous appellerons groupe symétrique de X l'ensemble des permutations de X, muni de la loi de groupe ∘ définie par f ∘ g : X → X, x ↦ f(g(x)). Cette définition convient à l'étude des actions à gauche d'un groupe sur un ensemble.

Permutation circulaire

En mathématiques, une permutation circulaire ou cycle est un cas particulier de permutation. Une permutation circulaire agit comme un décalage circulaire pour un certain nombre d'éléments, et laisse tous les autres inchangés. Les permutations circulaires permettent d'illustrer le fonctionnement général des permutations, puisqu'une permutation quelconque se décompose en un produit de cycles fonctionnant de manière indépendante. Soit un entier k ≥ 2. Une permutation est un k-cycle, ou permutation circulaire de longueur k, s'il existe des éléments a1, .

Dissociation (chimie)

La dissociation, en chimie et biochimie, est un processus général dans lequel des molécules (ou composés ioniques tels que des sels, ou complexes) se dissocient ou se séparent en des particules plus petites telles que des atomes, ions ou radicaux. Ainsi, quand un acide se dissout dans de l'eau, une liaison covalente entre un atome électronégatif et un atome d'hydrogène est rompue par hétérolyse, ce qui donne un ion hydronium (H+) et un ion négatif. Les procédés associés sont souvent réversibles.

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Unlabeled Principal Component Analysis and Matrix Completion

Chalcogen bonding catalysis

Gas/Surface reactions probed by reflection absorption infrared spectroscopy