Publication

Dendrite Tracking in Microscopic Images using Minimum Spanning Trees and Localized E-M

Pascal Fua
2006
Reports

Résumé

We describe in this document our preliminary results regarding the tracking of dendrites spreading from a neuron in confocal microscope im- ages. When using a small number of image layers, we obtain good results by combining a EM-based local estimate of the probability that an image pixel belongs to a neuron filament with the global tree properties of the complete set of dendrites. The optimal tree is obtained with a modified minimum-spanning tree procedure. We will argue that this approach extends naturally to the complete data volume and should give even better results.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/3aab5544-7d60-4533-b37e-8b37a499b243

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Concepts associés (32)

Segmentation d'image

La segmentation d'image est une opération de s consistant à détecter et rassembler les pixels suivant des critères, notamment d'intensité ou spatiaux, l'image apparaissant ainsi formée de régions uniformes. La segmentation peut par exemple montrer les objets en les distinguant du fond avec netteté. Dans les cas où les critères divisent les pixels en deux ensembles, le traitement est une binarisation. Des algorithmes sont écrits comme substitut aux connaissances de haut niveau que l'homme mobilise dans son identification des objets et structures.

Arbre couvrant de poids minimal

thumb|L'arbre couvrant de poids minimal d'un graphe planaire. Chaque arête est identifiée avec son poids qui, ici, est approximativement sa longueur. En théorie des graphes, étant donné un graphe non orienté connexe dont les arêtes sont pondérées, un arbre couvrant de poids minimal (ACM), arbre couvrant minimum ou arbre sous-tendant minimum de ce graphe est un arbre couvrant (sous-ensemble qui est un arbre et qui connecte tous les sommets ensemble) dont la somme des poids des arêtes est minimale (c'est-à-dire de poids inférieur ou égal à celui de tous les autres arbres couvrants du graphe).

Dendrite (biologie)

Les dendrites (du grec δένδρον déndron «arbre») sont des prolongements du corps cellulaire des neurones dont elles partagent les organites (à l'exception du noyau et des lysosomes). Les dendrites sont des prolongements des neurones moteurs courts et effilés. Les corps cellulaires en contiennent généralement des centaines, avec les mêmes organites. Elles forment la principale structure réceptrice des neurones.

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