SARS-CoV-2Le SARS-CoV-2 (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome ), soit du syndrome respiratoire aigu sévère, est le virus responsable de la Covid-19. Son acronyme est parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2. Ce coronavirus hautement pathogène a été découvert en dans la ville de Wuhan (province de Hubei, en Chine). Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive du groupe de la classification Baltimore. C'est une souche nouvelle de l'espèce SARSr-CoV, dans le genre betacoronavirus qui regroupe entre autres les SARS-CoV-1 et MERS-CoV.
Maladie à coronavirus 2019La maladie à coronavirus 2019, communément appelée la ou le Covid-19 (acronyme de l'anglais coronavirus disease 2019), est une maladie infectieuse émergente de type zoonose virale causée par la souche de coronavirus SARS-CoV-2. Les symptômes les plus fréquents sont la fièvre, la toux, la fatigue et la gêne respiratoire. Dans les formes les plus graves, l'apparition d'un syndrome de détresse respiratoire aiguë peut entraîner la mort, notamment chez les personnes plus fragiles du fait de leur âge ou en cas de comorbidités.
Coronavirusthumb|SARS-CoV-2 3D virion Les orthocoronavirus (CoV) sont des virus qui constituent la sous-famille Orthocoronavirinae de la famille Coronaviridae (les coronavirus). Le nom « coronavirus », du latin signifiant « virus à couronne », est dû à l'apparence des virions sous un microscope électronique, avec une frange de grandes projections bulbeuses qui évoquent une couronne solaire. Ces coronavirus sont munis d'une enveloppe virale incluant une capside caractérisée par des protéines en forme de massue (appelées spicules).
Coronavirus spike proteinSpike (S) glycoprotein (sometimes also called spike protein, formerly known as E2) is the largest of the four major structural proteins found in coronaviruses. The spike protein assembles into trimers that form large structures, called spikes or peplomers, that project from the surface of the virion. The distinctive appearance of these spikes when visualized using negative stain transmission electron microscopy, "recalling the solar corona", gives the virus family its main name.
PhylogénieLa phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Virus transmis par des chauves-sourisLes virus transmis par des chauves-souris comptent parmi les principaux virus émergents. Ils sont définis par le fait que des chauves-souris constituent leur réservoir naturel. Ce sont notamment des coronavirus, des Orthohantavirus, des lyssavirus, le virus de Lassa, le virus Nipah, le virus Ebola et le virus Marburg. Parmi ces virus, ceux qui provoquent des maladies chez l'humain sont des virus à ARN. Ces virus sont transmis aux humains par des morsures de chauves-souris à partir de la salive de ces animaux, ainsi que par des aérosols de salive, de fèces ou d'urine.
AnticorpsUn anticorps est un complexe protéique produit par le système immunitaire adaptatif dans un organisme vivant pour détecter et neutraliser les agents pathogènes de manière spécifique. Ce faisant, les anticorps se lient à l'agent pathogène et dirigent vers lui, dans le but de le détruire, les cellules immunitaires dites phagocytes (macrophages, polynucléaires neutrophiles) et/ou les agents du complément. L'organisme devient alors réfractaire à l’agent envahisseur : il s’immunise.
ZoonoseLes zoonoses sont des maladies et infections dont les agents se transmettent naturellement des animaux à l'humain, et vice-versa. Le terme a été créé au , à partir du grec ζῷον zôon, « animal » et νόσος nósos, « maladie », par Rudolf Virchow. Il couvre les zooanthroponoses (transmission de l’humain à l'animal) et les anthropozoonoses (transmission de l’animal à l'humain). D'un point de vue pratique, l'étude des zoonoses est principalement motivée dans le second cas, quand l'animal joue un rôle dans la transmission de l’agent pathogène d'une maladie affectant la santé humaine.
Emergent virusAn emergent virus (or emerging virus) is a virus that is either newly appeared, notably increasing in incidence/geographic range or has the potential to increase in the near future. Emergent viruses are a leading cause of emerging infectious diseases and raise public health challenges globally, given their potential to cause outbreaks of disease which can lead to epidemics and pandemics. As well as causing disease, emergent viruses can also have severe economic implications.
Test rapide antigéniquethumb|Tests rapides SARS-CoV-2. Tests de détection des antigènes viraux par flux latéral Un test rapide antigénique (TRA), ou test rapide, est un test de diagnostic rapide adapté aux tests sur le lieu de soins qui détecte directement la présence ou l'absence d'un antigène. Il est couramment utilisé pour la détection du SARS-CoV-2, le virus à l'origine de la Covid-19. Les tests rapides sont un type de tests à flux latéral qui détectent les protéines, ce qui les distingue des autres tests médicaux qui détectent les anticorps (tests d'anticorps) ou l'acide nucléique (tests d'acide nucléique), de type laboratoire ou « point-of-care ».
FlavivirusFlavivirus (du latin flavus : jaune) est un genre de virus de la famille des Flaviviridae. Ce groupe comprend entre autres : le virus de la dengue le virus de la fièvre jaune le virus de l'encéphalite de Saint Louis le virus de l'encéphalite japonaise le virus du Nil occidental le virus Zika le virus de l'encéphalite à tiques le BYD virus, identifié en Chine en 2010, qui affecte les canards. Ce sont des virus à ARN positif simple brin. Ils mesurent entre 40 et 50 nm en moyenne et leur génome fait environ 10 000 paires de bases.
Spillover infectionSpillover infection, also known as pathogen spillover and spillover event, occurs when a reservoir population with a high pathogen prevalence comes into contact with a novel host population. The pathogen is transmitted from the reservoir population and may or may not be transmitted within the host population. Due to climate change and land use expansion, the risk of viral spillover is predicted to significantly increase. Spillover is a common event; in fact, more than two-thirds of human viruses are zoonotic.
Phylogenetic comparative methodsPhylogenetic comparative methods (PCMs) use information on the historical relationships of lineages (phylogenies) to test evolutionary hypotheses. The comparative method has a long history in evolutionary biology; indeed, Charles Darwin used differences and similarities between species as a major source of evidence in The Origin of Species. However, the fact that closely related lineages share many traits and trait combinations as a result of the process of descent with modification means that lineages are not independent.
Vaccin contre la Covid-19Un vaccin contre la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) entraîne et prépare le système immunitaire à reconnaître et à combattre le coronavirus SARS-CoV-2, ce qui permet de prévenir cette maladie. Pour développer rapidement une gamme de vaccins contre la Covid-19, une collaboration inédite naît en 2020 entre l'industrie pharmaceutique multinationale, différents organismes gouvernementaux et des fondations philanthropiques. La mise au point d'un vaccin capable de protéger durablement contre le SARS-CoV-2 s'avère un défi technologique.
Arbre phylogénétiquevignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Variant Omicron du SARS-CoV-2vignette|Image d'un spécimen de SARS-CoV-2. Le variant Omicron présente plusieurs mutations sur le péplomère (spicules en vert sur l'image). Le variant Omicron () du SARS-CoV-2, aussi appelé B.1.1.529 (synonyme BA.1) selon les lignées Pango, du clade GISAID GR/484A, est un variant du coronavirus responsable de la Covid-19. Nommé d'après la lettre grecque Omicron, le premier cas de ce variant est détecté le au Botswana. Le , il est classé comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la santé (OMS).
Cellule présentatrice d'antigèneUne cellule présentatrice d'antigène ou CPA (en anglais, antigen-presenting cell ou APC) est une cellule du système immunitaire qui présente des parties d'éléments intrus à des lymphocytes T. Il peut s’agir de monocytes, de macrophages, de lymphocytes B ou de cellules dendritiques. Les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) sont au cœur de ce processus. Des chaînes polypeptidiques (antigènes) du corps étranger sont présentées par le CMH de classe II, toujours associé au CMH de classe I, qui joue le rôle de carte d'identité corporelle.
Robustesse (évolution)vignette|300x300px|Réseau de génotypes liés par des mutations. Chaque génotype est composé de 3 gènes : a, b et c. Chacun d'eux possède deux allèles possibles (lettre en majuscule ou minuscule). Les traits relient les différents phénotypes possibles par mutation. Le phénotype est indiqué par une couleur (blanc, gris ou noir). Les génotypes abc, Abc, aBc et abC reposent sur un réseau neutre car ils conduisent tous au même phénotype (noir). Le génotype abc est robuste car chaque mutation qui lui est individuellement appliquée conduit au même phénotype.
Computational phylogeneticsComputational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
HLA (antigène)En biologie, les antigènes des leucocytes humains (en abrégé, HLA, de l'anglais Human Leukocyte Antigen) sont le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) chez l'humain. Les antigènes des leucocytes humains sont des molécules à la surface des cellules qui permettent l'identification par le système immunitaire. Ces protéines sont nommées « molécules du CMH ». Les cellules d'un organisme portent un marqueur à leur surface qui leur permet d'être reconnues comme appartenant à ce même organisme, c'est le CMH de classe I.
