Publication

GeneNetWeaver 3.0: realistic benchmark generation and performance profiling of network inference methods

Dario Floreano
2010
Posters

Résumé

Numerous methods have been developed for inference of gene regulatory networks from expression data, however, their strengths and weaknesses remain poorly understood. Accurate and systematic evaluation of these methods is hampered by the difficulty of constructing adequate benchmarks and the lack of tools for a differentiated analysis of network predictions on such benchmarks. We present the new version (3.0) of GeneNetWeaver (GNW), an open-source tool for in silico benchmark generation and performance profiling of network inference methods. GNW can be launched directly from any web browser thanks to the deployment technology Java Web Start.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/2a915b98-dccd-464b-9377-0266c4a4342d

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Concepts associés (32)

Expression génétique

L'expression des gènes, encore appelée expression génique ou expression génétique, désigne l'ensemble des processus biochimiques par lesquels l'information héréditaire stockée dans un gène est lue pour aboutir à la fabrication de molécules qui auront un rôle actif dans le fonctionnement cellulaire, comme les protéines ou les ARN. Même si toutes les cellules d'un organisme partagent le même génome, certains gènes ne sont exprimés que dans certaines cellules, à certaines périodes de la vie de l'organisme ou sous certaines conditions.

Open source

Open source is source code that is made freely available for possible modification and redistribution. Products include permission to use the source code, design documents, or content of the product. The open-source model is a decentralized software development model that encourages open collaboration. A main principle of open-source software development is peer production, with products such as source code, blueprints, and documentation freely available to the public.

History of the web browser

A web browser is a software application for retrieving, presenting and traversing information resources on the World Wide Web. It further provides for the capture or input of information which may be returned to the presenting system, then stored or processed as necessary. The method of accessing a particular page or content is achieved by entering its address, known as a Uniform Resource Identifier or URI. This may be a web page, image, video, or other piece of content.

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