Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
Microbiote intestinal humainvignette|Rôles du microbiote intestinal : il protège contre des pathogènes, synthétise des vitamines, participe au développement et à la maturation du système immunitaire, promeut l'angiogenèse, participe à la prise de poids, fermente les fibres en AGCC (acides gras à chaînes courtes), module le SNC (système nerveux central). Le 'microbiote intestinal humain', anciennement appelé flore intestinale humaine, est l'ensemble des microorganismes (archées, bactéries et levures — et les virus qui les infectent) du tractus digestif humain, c'est-à-dire .
Taxonthumb|upright=1.5|Les taxons sont des entités nommées, constituées d'organismes vivants regroupés et identifiés par la taxonomie : 1-Règne 2-Embranchement 3-Classe 4-Ordre 5-Famille 6-Genre 7-Espèce Un taxon est une entité conceptuelle qui regroupe tous les organismes vivants possédant en commun certains caractères taxinomiques ou diagnostiques bien définis. Le terme dérive du terme taxonomie par troncation, et non directement du grec / táxis, « placement », « mise en ordre ».
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Alimentation sainevignette|Les légumes verts, les plantes du genre Allium et les légumes crucifères sont des éléments clés d'une alimentation saine. vignette|Des fruits communs : pommes, poires, fraises, oranges, bananes, raisins, melons canaries, pastèque, melon, ananas et mangue. Une alimentation saine est une pratique alimentaire qui permet de maintenir ou d'améliorer sa santé générale. Une bonne alimentation fournit à l'organisme les nutriments essentiels : fluide, acides aminés essentiels des protéines, acides gras, vitamines, minéraux, et suffisamment de calories.
Axe intestin-cerveauvignette|L'axe intestin-cerveau est la relation entre le tractus gastro-intestinal et la fonction et le développement du cerveau. L'axe intestin-cerveau est la signalisation biochimique qui se produit entre le tractus gastro-intestinal et le système nerveux central (SNC). Le terme "axe intestin-cerveau" est parfois utilisé pour désigner le rôle du microbiote intestinal dans l'interaction, alors que le terme "axe microbiote-intestin-cerveau" inclut explicitement le rôle de la flore intestinale dans les événements de signalisation biochimique qui ont lieu entre le tractus gastro-intestinal et le SNC.
Microbiotevignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).
Projet microbiote humainLe projet microbiote humain (en anglais, Human Microbiome Project ou HMP) est une initiative des National Institutes of Health (NIH) américains dont le but est d'identifier et de caractériser l'ensemble des micro-organismes qui vivent en association avec les humains, le microbiote. Lancé en 2008, ce projet de cinq ans, d'un budget total de $115 millions, avait pour but de découvrir les liens entre l'état de santé et les maladies d'une part et le microbiote des personnes impliquées dans cette étude.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Abondance des éléments chimiquesredresse=2|vignette|Courbe d'abondance relative des éléments chimiques dans l'Univers. On observe la forme globale en dents de scie, l'abondance prépondérante de H et He, l'abondance extrêmement faible de Li, Be et B par rapport à celle des éléments voisins C, N et O, le pic du fer, et l'abondance élevée de Pb. vignette|redresse=1.7|Au cœur d'une étoile massive, s'élaborent des atomes de plus en plus lourds. Cette étoile développe une structure en « pelures d'oignon », dans laquelle chaque couche est composée des « cendres » de la réaction nucléaire précédente.
Pratique alimentairevignette|sources alimentaires de magnésium (dans le sens des aiguilles d'une montre à partir du haut à gauche) : muffins au son, graines de citrouille, orge, farine de sarrasin, yogourt à la vanille faible en gras, mélange montagnard, steaks de flétan, pois chiches, haricots de Lima, soja et épinards. Une pratique alimentaire est une pratique sociale concernant l'alimentation humaine qui peut être d'origine culturelle, religieuse, idéologique, ou motivée par des préoccupations en matière de santé.
Prédiction de la structure des protéinesLa prédiction de la structure des protéines est l'inférence de la structure tridimensionnelle des protéines à partir de leur séquences d'acides aminés, c'est-à-dire la prédiction de leur pliage et de leur structures secondaire et tertiaire à partir de leur structure primaire. La prédiction de la structure est fondamentalement différente du problème inverse de la conception des protéines. Elle est l'un des objectifs les plus importants poursuivis par la bioinformatique et la chimie théorique.
Complément alimentaireUn complément alimentaire est une denrée alimentaire dont le but est de fournir un complément de nutriments ou de substances ayant un effet nutritionnel ou physiologique (vitamines, minéraux, acides gras ou acides aminés) manquants ou en quantité insuffisante dans le régime alimentaire normal d'un individu. À la différence des additifs alimentaires, qui sont mélangés à certains aliments, le complément est une source concentrée qui est vendue de façon isolée.
Prédiction de gènesEn bio-informatique, la prédiction de gènes consiste à identifier les zones de l'ADN qui correspondent à des gènes (le reste étant non codant). Les méthodes par similitudes, aussi appelées méthodes par homologie ou méthodes extrinsèques, consistent à utiliser des informations extérieures au génome pour trouver les gènes. Plus précisément, ces méthodes consistent à comparer la séquence étudiée avec des séquences connues, rassemblées dans les bases de données.
Phénotypealt=Trois photos de fleurs de pétunia, chaque fleur étant colorée différemment|vignette|Variation phénotypique de la couleur des fleurs chez le pétunia. En génétique, le phénotype est l'ensemble des traits observables d'un organisme. Très souvent, l'usage de ce terme est plus restrictif : le phénotype est alors considéré au niveau d'un seul caractère, à l'échelle cellulaire ou encore moléculaire. L'ensemble des phénotypes observables chez les individus d'une espèce donnée est parfois appelé le phénome.
Interaction hôte-pathogèneL' interaction hôte-pathogène est définie comme la manière dont les microbes ou les virus se maintiennent dans les organismes hôtes au niveau moléculaire, cellulaire, de l'organisme ou de la population. Ce terme est le plus souvent utilisé pour désigner des micro-organismes causant des maladies, bien qu'ils ne provoquent pas nécessairement de maladies chez tous les hôtes. Pour cette raison, la définition a été étendue à la manière dont les agents pathogènes connus survivent chez leur hôte, qu’ils causent une maladie ou non.
Abondance naturelleL'abondance naturelle est le pourcentage en nombre d'atomes, pour un élément donné, de chacun des isotopes par rapport à l'ensemble des isotopes (naturels) trouvés sur une planète ou une étoile. Cette notion est donc relative à la matière considérée, étoile, planète, et dans le cas de la Terre, réservoir ou roche considérés. La somme des masses atomiques de chacun des isotopes, pondérées par leur abondance naturelle, donne la masse atomique moyenne de l'élément, telle qu'on la trouve dans le tableau périodique.
Agent biologiqueUn agent biologique est un micro-organisme (bactérie, spore de microchampignon, virus), un parasite, une culture cellulaire ou une toxine. On parle d'agent infectieux si cet agent est susceptible de provoquer une infection, une allergie ou une intoxication chez son hôte. Cet agent peut être vivant ou non (ex : les virus ne sont pas vivants, ni le prion pathogène, mais ils sont classés parmi les agents biologiques).
Résistance aux antibiotiquesLa résistance aux antibiotiques ou antibiorésistance est la capacité d'une bactérie à résister aux effets des antibiotiques. C'est l'une des formes de la pharmacorésistance, différente du phénomène de tolérance aux antibiotiques. upright=1.2|vignette|Tests de résistance aux antibiotiques : une souche de bactérie cultivée en boîte de Petri est exposée à des disques blancs contenant chacun un antibiotique différent.
Escherichia coliEscherichia coli, en abrégée E. coli, est une bactérie intestinale des organismes à sang chaud, Gram négatif, du genre Escherichia, en forme de bâtonnet. E. coli est une bactérie aero-anaerobie facultative, appartenant au groupe des colibacilles, très commune chez l'être humain. E. coli constitue, avec d'autres bactéries anaérobies facultatives, 0,1% du microbiote intestinal. Découverte en 1885, par le pédiatre et bactériologiste austro-allemand Theodor Escherich, dans des selles de chèvres, c'est un coliforme fécal généralement commensal.
