Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
Open-source softwareOpen-source software (OSS) is computer software that is released under a license in which the copyright holder grants users the rights to use, study, change, and distribute the software and its source code to anyone and for any purpose. Open-source software may be developed in a collaborative, public manner. Open-source software is a prominent example of open collaboration, meaning any capable user is able to participate online in development, making the number of possible contributors indefinite.
Free/Libre Open Source Softwarevignette|320x320px|Capture d'écran d'un bureau avec de multiples logiciels open-source en cours d'exécution: VLC, Firefox, LibreOffice Writer, GIMP, etc. Free and open-source software (F/OSS, FOSS) ou free/libre/open-source software (FLOSS) sont des expressions inclusives, rassemblant à la fois les logiciels libres et les logiciels à code source ouvert, qui malgré des cultures et des philosophies divergentes ont des modèles de développement logiciel similaires.
GénomiqueLa génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du génome, au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène. La génomique se divise en deux branches : La génomique structurale, qui se charge du séquençage du génome entier ; La génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes séquencés en caractérisant le transcriptome et le protéome. La génomique est l'équivalent de la métabolomique pour les métabolites.
Licence publique générale GNULa licence publique générale GNU, ou GNU General Public License (son seul nom officiel en anglais, communément abrégé GNU GPL, voire simplement « GPL »), est une licence qui fixe les conditions légales de distribution d'un logiciel libre du projet GNU. Richard Stallman, président et fondateur de la Free Software Foundation en est l'auteur. Sa dernière version est la « GNU GPL version 3 » publiée le avec le concours juridique d'Eben Moglen.
Génomique comparativeLa génomique comparative est l'étude comparative de la structure en fonction des génomes de différentes espèces. Elle permet d'identifier et de comprendre les effets de la sélection sur l'organisation et l'évolution des génomes. Ce nouvel axe de recherche bénéficie de l'augmentation du nombre de génomes séquencés et de la puissance des outils informatiques. Une des applications majeures de la génomique comparative est la découverte de gènes et de leurs séquences régulatrices non codantes basée sur le principe de conservation.
GénomeLe génome (//), ou plus rarement génôme, est l'ensemble du matériel génétique d'une espèce codé dans son acide désoxyribonucléique (ADN), à l'exception de certains virus dont le génome est constitué d'acide ribonucléique (ARN). Il contient en particulier tous les gènes codant des protéines ou correspondant à des ARN structurés. Il se décompose donc en séquences codantes (transcrites en ARN messagers et traduites en protéines) et non codantes (non transcrites, ou transcrites en ARN, mais non traduites).
Open-source licenseOpen-source licenses facilitate free and open-source software (FOSS) development. Intellectual property (IP) laws restrict the modification and sharing of creative works. Free and open-source software licenses use these existing legal structures for the inverse purpose of granting freedoms that promote sharing and collaboration. They grant the recipient the rights to use the software, examine the source code, modify it, and distribute the modifications. These licenses target computer software where source code can be necessary to create modifications.
Licence publique générale limitée GNULa Licence publique générale limitée GNU, ou GNU LGPL (pour GNU Lesser General Public License) en anglais, est une licence utilisée par certains logiciels libres. Elle présente de grandes ressemblances avec la licence publique générale GNU (ou GNU GPL), rédigée par le même organisme, la Free Software Foundation, visant à promouvoir le développement de logiciels libres.
Whole genome sequencingWhole genome sequencing (WGS), also known as full genome sequencing, complete genome sequencing, or entire genome sequencing, is the process of determining the entirety, or nearly the entirety, of the DNA sequence of an organism's genome at a single time. This entails sequencing all of an organism's chromosomal DNA as well as DNA contained in the mitochondria and, for plants, in the chloroplast. Whole genome sequencing has largely been used as a research tool, but was being introduced to clinics in 2014.
Projet Génome humainvignette|Le génome humain est constitué de l'ensemble de l'information portée par nos 23 paires de chromosomes. Le (PGH, ou HGP pour l'anglais Human Genome Project) est un programme lancé fin 1988 dont la mission était d'établir le séquençage complet de l'ADN du génome humain. Son achèvement a été annoncé le . Le nouveau projet lancé dans la foulée en , ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements), donne des résultats importants sur l'ADN non codant humain.
Modèles économiques des logiciels open sourcealt=Logo de l’Open Source Initiative : un disque vert dont on a enlevé une part en bas et un petit disque au centre|vignette|Logo de l’Open Source Initiative, association défendant le potentiel économique du développement de logiciels open source. alt=Logo de l’April : « promouvoir et défendre le logiciel libre »|vignette|Logo de l’April, association française faisant la promotion des logiciels libres et de leurs modèles économiques.
Free-software licenseA free-software license is a notice that grants the recipient of a piece of software extensive rights to modify and redistribute that software. These actions are usually prohibited by copyright law, but the rights-holder (usually the author) of a piece of software can remove these restrictions by accompanying the software with a software license which grants the recipient these rights. Software using such a license is free software (or free and open-source software) as conferred by the copyright holder.
Taille du génomevignette|Arbre phylogénétique indiquant la taille des génomes chez les organismes des trois domaines du monde vivant: les bactéries Bacteria (en bleu), les archées Archaea (en vert) et les eucaryotes Eucarya (en rouge). La taille du génome correspond à la quantité d'ADN contenue dans une copie d'un génome. La taille d'un génome est également appelée valeur C.
Licence de documentation libre GNULa licence de documentation libre GNU (GNU Free Documentation License, abrégé en GFDL) est une licence relevant du droit d'auteur produite par la Free Software Foundation. Elle a pour but de protéger la diffusion de contenu libre et peut être utilisée par chacun afin de déterminer le mode de diffusion de son œuvre. L'objet de cette licence est de rendre tout support (manuel, livre ou autre document écrit) « libre » au sens de la liberté d'utilisation, à savoir : assurer à chacun la liberté effective de le copier ou de le redistribuer, avec ou sans modifications, commercialement ou non.
License compatibilityLicense compatibility is a legal framework that allows for pieces of software with different software licenses to be distributed together. The need for such a framework arises because the different licenses can contain contradictory requirements, rendering it impossible to legally combine source code from separately-licensed software in order to create and publish a new program. Proprietary licenses are generally program-specific and incompatible; authors must negotiate to combine code.
Histoire du logiciel libreLhistoire du logiciel libre est intimement imbriquée avec celle de l'informatique et celle du génie logiciel. Elle ne commence en tant que telle qu'à partir du moment où est apparu le besoin de distinguer le logiciel libre du logiciel propriétaire, selon le principe énoncé pour Le Cru et le Cuit. Ces prémices datant de la fin du , il ne peut s'agir d'une discipline académique. L'histoire du logiciel libre est donc présentée ici de façon informelle. thumb|Manipulation des nombres sur un boulier.
Bacterial genomeBacterial genomes are generally smaller and less variant in size among species when compared with genomes of eukaryotes. Bacterial genomes can range in size anywhere from about 130 kbp to over 14 Mbp. A study that included, but was not limited to, 478 bacterial genomes, concluded that as genome size increases, the number of genes increases at a disproportionately slower rate in eukaryotes than in non-eukaryotes. Thus, the proportion of non-coding DNA goes up with genome size more quickly in non-bacteria than in bacteria.
Elective genetic and genomic testingElective genetic and genomic testing are DNA tests performed for an individual who does not have an indication for testing. An elective genetic test analyzes selected sites in the human genome while an elective genomic test analyzes the entire human genome. Some elective genetic and genomic tests require a physician to order the test to ensure that individuals understand the risks and benefits of testing as well as the results. Other DNA-based tests, such as a genealogical DNA test do not require a physician's order.
Comparison of open-source and closed-source softwareFree/open-source software – the source availability model used by free and open-source software (FOSS) – and closed source are two approaches to the distribution of software. Under the closed-source model source code is not released to the public. Closed-source software is maintained by a team who produces their product in a compiled-executable state, which is what the market is allowed access to.
