Séquençage de l'ADNcadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.
High-level radioactive waste managementHigh-level radioactive waste management concerns how radioactive materials created during production of nuclear power and nuclear weapons are dealt with. Radioactive waste contains a mixture of short-lived and long-lived nuclides, as well as non-radioactive nuclides. There was reportedly some of high-level nuclear waste stored in the United States in 2002. The most troublesome transuranic elements in spent fuel are neptunium-237 (half-life two million years) and plutonium-239 (half-life 24,000 years).
Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
Persister cellsPersister cells are subpopulations of cells that resist treatment, and become antimicrobial tolerant by changing to a state of dormancy or quiescence. Persister cells in their dormancy do not divide. The tolerance shown in persister cells differs from antimicrobial resistance in that the tolerance is not inherited and is reversible. When treatment has stopped the state of dormancy can be reversed and the cells can reactivate and multiply.
Stockage des déchets radioactifs en couche géologique profondeLe stockage en couche géologique profonde, parfois appelé enfouissement, est envisagé pour confiner les déchets nucléaires, en complément du stockage en surface dans plusieurs pays, en particulier pour les déchets de haute et moyenne activité à vie longue. Il consiste à conditionner ces déchets puis à les placer dans une formation géologique stable en interposant des barrières naturelles et artificielles entre les déchets et l'environnement.
MétatranscriptomiqueLa métatranscriptomique est à la transcriptomique ce que la métagénomique est à la génomique. Si la transcriptomique est l'étude du transcriptome, c'est-à-dire l'étude de l'ensemble des ARN issus de la transcription du génome d'un organisme, la métatranscriptomique a pour but l'étude de l'ensemble des ARN issus de la transcription des génomes de l'ensemble des organismes faisant partie d'un milieu.
Micro-organisme sulfato-réducteurvignette|Desulfovibrio vulgaris est l'espèce de micro-organisme sulfato-réductrice la plus étudiée ; la barre d'échelle en haut à droite représente 0,5 μm de longueur. Les micro-organismes sulfato-réducteurs (MSR) ou réducteurs de sulfate, encore appelés procaryotes sulfato-réducteurs (PSR) sont un groupe de microorganismes comprenant les bactéries sulfato-réductrices (BSR) et les archées sulfato-réducteurs (ASR). Ces deux sous-groupes peuvent effectuer leur respiration anaérobie en utilisant le sulfate (SO42−) comme accepteur d'électron final, en le réduisant en sulfure d'hydrogène (H2S).
MetaproteomicsMetaproteomics (also Community Proteomics, Environmental Proteomics, or Community Proteogenomics) is an umbrella term for experimental approaches to study all proteins in microbial communities and microbiomes from environmental sources. Metaproteomics is used to classify experiments that deal with all proteins identified and quantified from complex microbial communities. Metaproteomics approaches are comparable to gene-centric environmental genomics, or metagenomics.
Sulfur-reducing bacteriaSulfur-reducing bacteria are microorganisms able to reduce elemental sulfur (S0) to hydrogen sulfide (H2S). These microbes use inorganic sulfur compounds as electron acceptors to sustain several activities such as respiration, conserving energy and growth, in absence of oxygen. The final product of these processes, sulfide, has a considerable influence on the chemistry of the environment and, in addition, is used as electron donor for a large variety of microbial metabolisms.
Milieu de cultureUn milieu de culture est un support qui permet la culture de cellules, de bactéries, de levures, de moisissures afin de permettre leur étude. En principe, les cellules trouvent dans ce milieu les composants indispensables pour leur multiplication en grand nombre, rapidement, mais aussi parfois des éléments qui permettront de privilégier un genre bactérien ou une famille. Ainsi, selon le but de la culture, il est possible de placer les micro-organismes dans des conditions optimales, ou tout à fait défavorables.
Culture microbienneLa culture microbienne ou culture microbiologique est une technique de laboratoire de développement contrôlé de micro-organismes, croissance in vitro, en principe d'une seule souche bactérienne. Ces cultures facilitent donc l'étude des souches bactériennes. Les techniques de culture sont nombreuses ; elles varient en fonction : de la nature du prélèvement: surfaces, pus, sécrétions, selles, organes, broyages ... des buts de l'étude: identification, dénombrement, antibiogramme...
AntimicrobienUn antimicrobien est une famille de substances qui tuent (microbicide) ou ralentissent (microbiostatique) la croissance des microbes tels les bactéries (activité antibactérienne), les mycètes (activité antimycosique), les virus (activité antivirale), ou les parasites (activité antiparasitaire). Les antibiotiques sont une classe d'antimicrobiens antibactériens et antimycotiques qui peuvent potentiellement être utilisés comme médicaments en médecine pour traiter les infections à cause de leur basse toxicité pour l'être humain et pour l'animal.
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Ampliconvignette| Un modèle de séquence d'amplicon qui a été préparé pour l'amplification. La séquence cible à amplifier est colorée en vert. En biologie moléculaire, un amplicon est un morceau d'ADN ou d'ARN qui est la source et/ou le produit d'événements d'amplification ou de réplication. Il peut être formé artificiellement, en utilisant diverses méthodes, notamment les réactions en chaîne par polymérase (PCR) ou les réactions en chaîne par ligase (LCR), ou naturellement par duplication de gènes.
Microbial loopThe microbial loop describes a trophic pathway where, in aquatic systems, dissolved organic carbon (DOC) is returned to higher trophic levels via its incorporation into bacterial biomass, and then coupled with the classic food chain formed by phytoplankton-zooplankton-nekton. In soil systems, the microbial loop refers to soil carbon. The term microbial loop was coined by Farooq Azam, Tom Fenchel et al. in 1983 to include the role played by bacteria in the carbon and nutrient cycles of the marine environment.
Massive parallel sequencingMassive parallel sequencing or massively parallel sequencing is any of several high-throughput approaches to DNA sequencing using the concept of massively parallel processing; it is also called next-generation sequencing (NGS) or second-generation sequencing. Some of these technologies emerged between 1993 and 1998 and have been commercially available since 2005. These technologies use miniaturized and parallelized platforms for sequencing of 1 million to 43 billion short reads (50 to 400 bases each) per instrument run.
GénomiqueLa génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du génome, au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène. La génomique se divise en deux branches : La génomique structurale, qui se charge du séquençage du génome entier ; La génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes séquencés en caractérisant le transcriptome et le protéome. La génomique est l'équivalent de la métabolomique pour les métabolites.
Community organizingLe community organizing décrit le processus par lequel des gens vivant à proximité les uns des autres construisent une organisation pour avoir plus de pouvoir et mieux faire valoir leurs intérêts communs face aux institutions publiques, aux entreprises, aux propriétaires dont les décisions impactent leur vie. Il a été popularisé par Saul Alinsky généralement considéré comme son père fondateur via ses deux apports majeurs: la formalisation de la fonction de community organizer, et l'idée de sortir les principes d'organisation, d'action et de négociation collectives des usines pour les appliquer dans les quartiers.
Biosphèrethumb|350px|La biosphère ou symbiosphère (expression de Joël de Rosnay) est le niveau planétaire d'intégration de toutes les échelles du Vivant (du gène à la somme des biomes (sans laquelle l'oxygène et donc la couche d'ozone n'existeraient pas). Le gène est représenté à part, car non vivant en tant que tel, mais support d'information et base du vivant. Plus on monte dans la pyramide, plus l'échelle est globale et plus le niveau de complexité mais aussi de stabilité et de résilience du système semble augmenter.
Tapis microbiendroite|vignette| Un tapis d'algues formé par des cyanobactéries, dans lac salé au bord de la mer Blanche. Un tapis microbien est une pellicule multicouche constituée de micro-organismes, principalement des bactéries et des archées. Il correspond à un biofilm suffisamment épais pour que la cohérence entre les micro-organismes soit très forte et maintenue même lorsqu'on sépare ce tapis de son support d’accrochage. Ces tapis se développent aux interfaces entre différents types de matériaux, principalement sur des surfaces immergées ou humides, bien que quelques-uns survivent dans les déserts.
