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Vikash Kumar Pandey

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Genome-Scale Identification of Essential Metabolic Processes for Targeting the Plasmodium Liver Stage

Vassily Hatzimanikatis, Anush Chiappino-Pepe, Vikash Kumar Pandey

Plasmodium gene functions in mosquito and liver stages remain poorly characterized due to limitations in the throughput of phenotyping at these stages. To fill this gap, we followed more than 1,300 barcoded P. berghei mutants through the life cycle. We dis ...

2019

Mechanistic insights into bacterial metabolic reprogramming from omics-integrated genome-scale models

Noushin Hadadi, Anush Chiappino-Pepe, Vikash Kumar Pandey

Understanding the adaptive responses of individual bacterial strains is crucial for microbiome engineering approaches that introduce new functionalities into complex microbiomes, such as xenobiotic compound metabolism for soil bioremediation. Adaptation re ...

NATURE PUBLISHING GROUP2020

Integration of Metabolic, Regulatory and Signaling Networks Towards Analysis of Perturbation and Dynamic Responses

Vassily Hatzimanikatis, Meriç Ataman, Anush Chiappino-Pepe, Vikash Kumar Pandey

The expanding generation of dynamic biological data requires approaches that integrate and analyze information from different types of cellular processes –metabolism, regulation, and signaling–, and ultimately increase our insights into the cell behavior u ...

2017