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Arun Shivanandan

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Analytical Methods, Correlative Microscopy and Software Tools for Quantitative Single Molecule Localization Microscopy

Arun Shivanandan

Single Molecule Localization Microscopy (SMLM) techniques, such as PhotoActivated Localization Microscopy (PALM) and STochastic Optical Reconstruction Microscopy(STORM), can get around the diffraction limited resolution of conventional fluorescent microsco ...

EPFL2015

High-Resolution Correlative Microscopy: Bridging the Gap between Single Molecule Localization Microscopy and Atomic Force Microscopy

Aleksandra Radenovic, Georg Fantner, Adrian Pascal Nievergelt, Hendrik Georges Deschout, Lely Feletti, Radek Jankele, Pascal Damian Odermatt, Arun Shivanandan

Nanoscale characterization of living samples has become essential for modern biology. Atomic force microscopy (AFM) creates topological images of fragile biological structures from biomolecules to living cells in aqueous environments. However, correlating ...

American Chemical Society (ACS)2015

MosaicIA: an ImageJ/Fiji plugin for spatial pattern and interaction analysis

Aleksandra Radenovic, Arun Shivanandan

Background: Analyzing spatial distributions of objects in images is a fundamental task in many biological studies. The relative arrangement of a set of objects with respect to another set of objects contains information about potential interactions between ...

BioMed Central2013