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Sunil Kumar Raghav

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Transcriptional regulatory logic of the diurnal cycle in the mouse liver

Matteo Dal Peraro, Bart Deplancke, Felix Naef, Frédéric Bruno Martin Gachon, Benjamin Dieter Weger, Sunil Kumar Raghav, Irina Krier, Guillaume Rey, Alexandra Styliani Kalantzi, Jonathan Aryeh Sobel

Many organisms exhibit temporal rhythms in gene expression that propel diurnal cycles in physiology. In the liver of mammals, these rhythms are controlled by transcription-translation feedback loops of the core circadian clock and by feeding-fasting cycles ...

Public Library of Science2017

Exhaustion of tumor-specific CD8(+) T cells in metastases from melanoma patients

Bart Deplancke, Pedro Romero, Sunil Kumar Raghav

In chronic viral infections, CD8(+) T cells become functionally deficient and display multiple molecular alterations. In contrast, only little is known of self- and tumor-specific CD8(+) T cells from mice and humans. Here we determined molecular profiles o ...

American Society for Clinical Investigation2011

Identification and removal of low-complexity sites in allele-specific analysis of ChIP-seq data

Bart Deplancke, Sebastian Martin Waszak, Sunil Kumar Raghav, Alisa Yurovsky

Motivation: High-throughput sequencing technologies enable the genome-wide analysis of the impact of genetic variation on molecular phenotypes at unprecedented resolution. However, although powerful, these technologies can also introduce unexpected artifac ...

Oxford University Press2014