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Automated protein-DNA interaction screening of Drosophila regulatory elements

Bart Deplancke, Andreas Massouras, Alina Isakova, Antonina Iagovitina

Drosophila melanogaster has one of the best characterized metazoan genomes in terms of functionally annotated regulatory elements. To explore how these elements contribute to gene regulation, we need convenient tools to identify the proteins that bind to t ...

Nature Publishing Group2011

A yeast one-hybrid and microfluidics-based pipeline to map mammalian gene regulatory networks

Bart Deplancke, Sebastian Martin Waszak, Sunil Kumar Raghav, Alina Isakova, Carine Delattre-Gubelmann, Jovan Simicevic, Antonina Iagovitina

The comprehensive mapping of gene promoters and enhancers has significantly improved our understanding of how the mammalian regulatory genome is organized. An important challenge is to elucidate how these regulatory elements contribute to gene expression b ...

Nature / European Molecular Biology Organization2013

Topology and dynamics of the zebrafish segmentation clock core circuit

Bart Deplancke, Sebastian Maerkl, Andrew Charles Oates, Alina Isakova, Daniele Soroldoni

During vertebrate embryogenesis, the rhythmic and sequential segmentation of the body axis is regulated by an oscillating genetic network termed the segmentation clock. We describe a new dynamic model for the core pace-making circuit of the zebrafish segme ...

2012