Giovanna AmbrosiniCurrent Position Senior Scientist, School of Life Sciences, Bioinformatics Competence Center, école Polythechnique Fédérale de Lausanne, Lausanne.Senior bioinformatician and software engineer with proven experience working in higher education institutions. Solid experience in scientific computing and web design. Proficient in physics and computational genomics, with a focus on high-throughput genomic sequencing data analysis (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, scRNA-seq, and exome sequencing) and other types of
Didier TronoAprès des études de médecine à l’Université de Genève et une formation clinique en pathologie, médecine interne et maladies infectieuses à Genève et au Massachusetts General Hospital de Boston, Didier Trono s’engage dans une carrière scientifique au Whitehead Institute du MIT. En 1990, il est recruté par le Salk Institute de San Diego pour lancer un centre de recherche sur le SIDA. Il rentre en Europe sept ans plus tard, avant de prendre en 2004 les rênes de la toute nouvelle faculté des Sciences de la Vie de l’EPFL, dont il orchestre le développement et qu’il dirige jusqu’en 2012. Il participe aujourd’hui activement à la coordination des efforts de la Suisse en vue de l’intégration des nouvelles technologies dans le domaine de la médecine de précision et de la santé personnalisée.
Stewart ColeProfessor Stewart Cole is an international authority in bacterial molecular-genetics and genomics. He has made outstanding contributions in several fields including: bacterial anaerobic electron transport; genome analysis of retroviruses and papillomaviruses; antibiotic resistance mechanisms; and the molecular microbiology of toxigenic clostridia. His studies on isoniazid and multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis, together with his pioneering work on the pathogenicity, evolution and genomics of the tubercle and leprosy bacilli, have made him an undisputed leader in the field of mycobacterial research. The findings of his research are of direct relevance to public health and disease-control in both the developing world and the industrialised nations. He has published over 250 scientific papers and review articles, and holds many patents.
Nicolas Jean Philippe GuexEnseignement et PhD Cours Bioinformatic Analysis of RNA-sequencing (Fall) BIO-693(a) Due to its success, this course will take place from 1st to 5th September 2025 in room AAC 0 20.It introduces the workflows and techniques that are used for the analysis of bulk and single-cell RNA-seq data. It empowers students to understand and analyze their own data. Bioinformatic Analysis of RNA-sequencing (Spring) BIO-693(b) Methods: omics in biomedical research BIOENG-519
Stéphane JoostPublications Publications- List of publications
Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Marco André Vieira Ruas, Manon Laetitia Pribille, Martine Valérie Besse A dirigé les thèses EPFL de Estelle Rochat, Solange Catherine Gaillard, Oliver Michele Selmoni, Anaïs Ladoy, Annie Sandrine Guillaume A co-dirigé les thèses EPFL de Sylvie Stucki, Kevin Leempoel, Martí Bosch Padrós, Andrea Salmi Cours Border Forensics PENS-318 Le cours présentera aux étudiants différentes formes de violence liée
Johan AuwerxEnseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Wenyu Liu, Maria Boulougouri, Giacomo Vincenzo Giorgio Von Alvensleben A dirigé les thèses EPFL de Pénélope Andreux, Mitsunori Nomura, Evan Graehl Williams, Hongbo Zhang, Virginija Jovaisaite, Elena Katsyuba, Karim Laurent Gariani, Adrienne Joëlle Laurence Mottis, Hao Li, Peiling Luan, Alexis Bachmann, Mario Romani, Xiaoxu Li, Alessia De Masi, Amélia Lalou A co-dirigé les thèses EPFL de Serge Thanh Son Ducommun, Laura Lukjanenko, Joanna Ratajczak, Angélique Sato
Jacques RougemontEnseignement et PhD A co-dirigé les thèses EPFL de Swapna Uplekar, Irina Krier, Alexis Rapin, Aline Sondra Adler, Teresa Didonna Cours Genomics and bioinformatics BIO-463 Ce cours introduit différentes méthodes d'analyse de données issues du séquencage d'ADN, de l'assemblage de génomes à l'analyse quantitative de l'évolution et de l'expression des gènes, à la liaison des facteurs de transcription et à la conformation des chromosomes.
Raphaelle LuisierEnseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Lisa Mathilde Julia Fournier, Elisa Messori Cours Genomics and bioinformatics BIO-463 Ce cours introduit différentes méthodes d'analyse de données issues du séquencage d'ADN, de l'assemblage de génomes à l'analyse quantitative de l'évolution et de l'expression des gènes, à la liaison des facteurs de transcription et à la conformation des chromosomes.
Bart DeplanckeEnseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Wenyu Liu, Théo Nass, Augoustina Maria Economou, Horia Hashimi, Timothée Ferrari, Loïc David, Laurine Cécile Florentine Van Gijn, Angelika Gebhart, Camille Lucie Germaine Lambert, Marie Denise Rumpler, Antoni Jakub Gralak, Elisa Bugani, Geoffray Marie-Devillard A dirigé les thèses EPFL de Jovan Simicevic, Carine Delattre-Gubelmann, Andreas Massouras, Irina Krier, Alina Isakova, Sebastian Martin Waszak, Rachana Narendra Pradhan, Adamandia Kapopoulou, Roel Bevers,
Sebastian MaerklEnseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Amogh Kumar Baranwal, Pao-Wan Lee, Seyed Saeed Mottaghi, Onur Burak Özdemir, Mengting Lyu A dirigé les thèses EPFL de Nicolas Dénervaud, Sylvie Rockel, Jean-Bernard Nobs, Arun Stephen Rajkumar, Henrike Marie Niederholtmeyer, Matthew Christopher Blackburn, Kristina Pan Woodruff, Francesca Volpetti, Ekaterina Emilova Petrova, Zoe Newell Swank, Ivan Istomin, Grégoire Michielin, Fabien Jammes, Barbora Lavickova, Hon Ming Andrew Yip, Amir Shahein, Shiyu Cheng, Laura
Julien Maillard2011 - present: Research associate at the Laboratory for Environmental Biotechnology (LBE, IIE-ENAC, EPFL)
2007 - 2010: Postdoctoral Fellow at the Laboratory for Environmental Biotechnology (LBE, IIE-ENAC, EPFL)
2005 - 2006: Postdoctoral Fellow at the University of East Anglia (UEA, Norwich, UK)
2000 - 2004: PhD thesis at the Laboratory for Environmental Biotechnology (LBE)
1995 - 2000: B.sc & M.sc at the Swiss Federal Institute for Technology, Zurich (ETHZ)
Christof HolligerOriginaire d'Adliswil, Christof Holliger est né en 1959. Diplômé de l'ETHZ en biologie en 1984, il mène des travaux de recherche dans le domaine de la microbiologie environnementale à l'Université d'Agriculture de Wageningen (Pays-Bas) où il obtient son doctorat en Science de l'environnement en 1992. En 1992, il retourne en Suisse engagé comme collaborateur scientifique et chef de groupe à l'Institut Fédéral pour l'Aménagement, l'Epuration et la Protection des Eaux (EAWAG) à Kastanienbaum. Il y continue ses recherches sur la déchloruration réductrice, commencées aux Pays-Bas, et dirige des travaux sur la réduction des composés nitroaromatiques, la réduction du fer et la méthanogenèse psychrophile dans les sédiments des lacs. En octobre 1998, il est nommé professeur assistant en biotechnologie environnementale au Département de génie rural de l'EPFL. Ses recherches visent l'application des micro-organismes anaérobies pour le traitement des eaux résiduaires. En novembre 2004, il est nommé professeur associé et devient responsable du laboratoire de biotechnologie environnementale à la Faculté de l'Environnement naturel, architectural et construit. L'utilisation des techniques de la biologie moléculaire pour la caractérisation des communautés microbiennes impliquées dans le biotraitement de l'air, des eaux et des sols pollués est un outil clé dans les différents projets de recherche visants le développement des nouveaux procédés de traitement.
