MOOC

Traitement et analyse d'images pour les scientifiques du vivant

Description

De nos jours, les méthodes basées sur l'image sont indispensables pour les scientifiques du vivant. La microscopie optique, en particulier, est passée d'observations sommaires à l'œil nu à des acquisitions multiplan, multicanal, multiposition et multimode à haut débit qui produisent facilement des milliers d'images riches en informations qui doivent être quantifiées d'une manière ou d'une autre pour répondre à des questions biologiques.

Ce cours vous enseignera les concepts de base, de l'acquisition d'images au filtrage et à la segmentation d'images, afin de vous aider à vous attaquer à des flux de travail simples d'analyse d'images. Tous les exemples utilisent des solutions open source, afin de vous permettre d'être indépendant des solutions commerciales. L'accent est mis sur les bonnes pratiques et les pièges typiques de l'analyse d'images. À la fin de ce cours, vous serez en mesure d'adapter et de réutiliser des flux de travail pour répondre à vos besoins spécifiques et serez équipé des outils et des connaissances nécessaires pour vous adapter et demander conseil à la communauté d'analystes d'images toujours plus nombreuse dont vous ferez désormais partie.

Le cours est dispensé par des analystes d'images chevronnés ayant une longue expérience professionnelle dans une installation centrale orientée vers les services.

Graph Chat

Chattez avec Graph Search

Posez n’importe quelle question sur les cours, conférences, exercices, recherches, actualités, etc. de l’EPFL ou essayez les exemples de questions ci-dessous.

AVERTISSEMENT : Le chatbot Graph n'est pas programmé pour fournir des réponses explicites ou catégoriques à vos questions. Il transforme plutôt vos questions en demandes API qui sont distribuées aux différents services informatiques officiellement administrés par l'EPFL. Son but est uniquement de collecter et de recommander des références pertinentes à des contenus que vous pouvez explorer pour vous aider à répondre à vos questions.

Description

Le cours est dispensé par des analystes d'images chevronnés ayant une longue expérience professionnelle dans une installation centrale orientée vers les services.

Enseignant·e·s (2)

Arne Seitz

Enseignement et PhD Cours Advanced Microscopy for Life Science BIO-659 For further information, please get in contact with the instructor or have a look on the following web-site: http://biop.epfl.ch/ Bioimage informatics BIO-410 Le cours fournit une complète revue des méthodes, algorithmes et des outils logiciels utilisés en analyse d'images biologiques. Il expose les concepts fondamentaux et les solutions informatiques permettant d'extraire des informations quantitatives à

Romain Guiet

Expertise Development of BioImage Analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy images.BioSample Preparation : in vitro cell, organoid, time-lapse, fixation, staining strategies, actin, mitochondria, fluorescent protein expressionBioImage Acquisition : Widefield, Confocal, Whole Slide Imaging, Super-resolution (SIM, STORM, STED), FRET, FRAP, FLIMBioImage Analysis: Colocalisation analysis, Deconvolution, Time-lapse , Whole Slide ImagingTools & Software: ImageJ/Fiji, QuPath, i

Séances de ce MOOC (41)

Filtrage d'images: bases et techniques MOOC: Traitement et analyse d'images pour les scientifiques du vivant

Explore les techniques de filtrage d'images, y compris les filtres linéaires et non linéaires, pour l'élimination des artefacts et l'amélioration des fonctionnalités.

Images avec plus de deux dimensions MOOC: Traitement et analyse d'images pour les scientifiques du vivant

Explore des images avec plus de deux dimensions, discutant de la taille, du temps de traitement et des défis dans la gestion des données multidimensionnelles.

Introduction à ImageJ MOOC: Traitement et analyse d'images pour les scientifiques du vivant

Introduit ImageJ, couvrant l'installation, l'affichage d'image, l'enregistrement macro, les avantages Fidji, la communauté, les plugins et les scripts.

Conditionnels: bases et exemples MOOC: Traitement et analyse d'images pour les scientifiques du vivant

Couvre les bases des conditions et leur mise en œuvre dans la programmation.

Analyser les particules MOOC: Traitement et analyse d'images pour les scientifiques du vivant

Couvre le processus d'analyse des particules dans les images à l'aide du logiciel Fidji.

Afficher plus

Concepts associés (32)

École polytechnique (France)

L'École polytechnique, couramment appelée Polytechnique et surnommée en France l'« X », est l'une des françaises accréditées au à délivrer un diplôme d'ingénieur. Elle constitue l'une des sept grandes écoles militaires françaises. Elle est fondée en 1794 par la Convention nationale sous le nom d'École centrale des travaux publics et militarisée en 1804 par Napoléon . À l'origine située à Paris, l'école est à Palaiseau (Essonne) depuis 1976, au cœur du pôle technologique Paris-Saclay.

Grande école

Une grande école est un établissement de l'enseignement supérieur français hors du système universitaire, qui recrute ses élèves sur concours. Le concept de grande école est créé au pour former les cadres techniques et militaires de l'État. Le concept de grande école est propre à l'enseignement supérieur français. Il désigne des établissements très sélectifs qui recrutent leurs élèves par concours. Ils . Plus de 60 % des P-DG du CAC 40 étaient issus d'une grande école française en 2018, comme sept des huit présidents de la .

Image

Une image est une représentation visuelle, voire mentale, de quelque chose (objet, être vivant ou concept). Elle peut être naturelle (ombre, reflet) ou artificielle (sculpture, peinture, photographie), visuelle ou non, tangible ou conceptuelle (métaphore), elle peut entretenir un rapport de ressemblance directe avec son modèle ou au contraire y être liée par un rapport plus symbolique. Pour la sémiologie ou sémiotique, qui a développé tout un secteur de sémiotique visuelle, l'image est conçue comme produite par un langage spécifique.

Afficher plus