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Analyse microbienne de la communauté : méthodes et techniques

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Description

Cette séance de cours porte sur les méthodes et les techniques utilisées pour analyser les communautés microbiennes, y compris les approches qui dépendent de la culture et qui sont indépendantes de la culture. Il traite de la microbiologie de culture d'enrichissement, des procédures classiques d'isolement des microbes, des méthodes sélectives d'isolement unicellulaire et de l'utilisation d'hybridation in situ de fluorescence. La séance de cours explore également le concept de biais d'enrichissement, les techniques de dilution à extinction et l'application de la cytométrie en flux dans l'analyse microbienne. De plus, il s'inscrit dans les principes des méthodes de coloration, de coloration de viabilité et de l'utilisation de sondes d'acide nucléique pour l'hybridation in situ de fluorescence. La séance de cours se termine par une discussion sur les méthodes moléculaires telles que l'hybridation pour l'étude des communautés microbiennes.

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Concepts associés (24)

Hybridization probe

In molecular biology, a hybridization probe (HP) is a fragment of DNA or RNA of usually 15–10000 nucleotide long which can be radioactively or fluorescently labeled. HP can be used to detect the presence of nucleotide sequences in analyzed RNA or DNA that are complementary to the sequence in the probe. The labeled probe is first denatured (by heating or under alkaline conditions such as exposure to sodium hydroxide) into single stranded DNA (ssDNA) and then hybridized to the target ssDNA (Southern blotting) or RNA (northern blotting) immobilized on a membrane or in situ.

Coloration (microscopie)

vignette|redresse=1.9|L'observation en microscopie optique d'une coupe transversale colorée au carmino-vert montre les caractéristiques anatomiques d'une racine de Ficaire : organe végétal à symétrie axiale (cette symétrie caractérise une racine ou une tige alors que la feuille a une symétrie bilatérale) ; présence d'un rhizoderme pouvant former l'assise pilifère ; écorce ou cortex très développé, comprenant, de l'extérieur vers l'intérieur, une ou plusieurs couches de cellules subérifiées (subéroïde ou assise subéreuse), un parenchyme cortical à cellules riches en amyloplastes et méats, tissu végétal à fonction de réserve (non associé à des tissus de soutien, collenchyme et/ou sclérenchyme) et un endoderme constitué de cellules subérifiées.

Hybridation in situ en fluorescence

vignette|droite|Exemple d'imagerie en FISH : réarragement chromosomique bcr/abl caractéristique de la leucémie myéloïde chronique vue en FISH. Les chromosomes sont en bleu. Létiquette verte et rouge (en haut à gauche) désigne le chromosome où l'arrangement pathogène est présent. vignette|droite|Technique de l'hybridation fluorescente in situ. En A : sonde. B : sonde colorée à l'aide d'un fluorochrome. C : hybridation avec l'ADN nucléaire. D : apparence du chromosome métaphasique où la sonde s'est fixée.

Romanowsky stain

Romanowsky staining, also known as Romanowsky–Giemsa staining, is a prototypical staining technique that was the forerunner of several distinct but similar stains widely used in hematology (the study of blood) and cytopathology (the study of diseased cells). Romanowsky-type stains are used to differentiate cells for microscopic examination in pathological specimens, especially blood and bone marrow films, and to detect parasites such as malaria within the blood.

Dénaturation de l'ADN

La dénaturation de l'ADN, ou fonte de l'ADN, est un processus qui conduit à transformer un double brin d'ADN en deux simples brins, en rompant les liaisons hydrogène entre les bases nucléiques des deux chaînes complémentaires de l'ADN. Cette dénaturation peut être réalisée in vitro en soumettant l'ADN à tout agent chimique ou physique capable de déstabiliser les liaisons hydrogène, comme le pH, la température, certains solvants, des concentrations ioniques élevées, des agents alcalins,...

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Contraste: Microscopie Bright-Field

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Pratique de l'histologie: Microscopie d'hypophyse

Plonge dans les aspects pratiques de l'histologie, en se concentrant sur l'examen microscopique de l'hypophyse et de ses tissus environnants.

Types de neurones : Classification et diversité morphologique

Déplacez-vous dans les types de neurones, la classification, les défis dans la reconstruction, les techniques de coloration et la correction des artefacts, soulignant l'importance de comprendre la complexité du cerveau.

Introduction à la cytométrie de débit

Couvre les principes, les composants, les applications et les nouvelles technologies de cytométrie en flux, y compris l'immunité contre le cancer et l'immunologie.

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Concepts associés (24)

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Hybridation in situ en fluorescence

Romanowsky stain

Dénaturation de l'ADN

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