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Dans cours

BIO-695: Image Processing for Life Science

Registration details will be announced via email. It takes place yearly from Sept./October to December & intends to teach image processing with a strong emphasis of applications in life sciences. The idea is to enable the participants to solve image-proces ...

Description

Cette séance de cours traite d'un ensemble de données de 30 images de sections du foie tachées de DAB, en se concentrant sur les sites de métastases. L'expérimentateur vise à extraire des données quantitatives pour mesurer les différences visuelles entre deux conditions, en explorant diverses mesures au-delà du nombre et de la taille des sites de métastases.

Enseignant·e·s (4)

Nicolas René Chiaruttini

Olivier Burri

Expertise Development of bioimage analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy imagesTools & Software: ImageJ/Fiji, CellProfiler, ilastik, Imaris, Arivis, Matlab, RStudio, IntelliJ, Eclipse, Jupyter NotebooksProgramming languages:Java, Groovy, JavaScript, TypeScript, PHP, Python, R, C, C , Matlab, Bash Expertise Development of bioimage analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy imagesTools & Software: ImageJ/Fiji, CellProfiler, ilastik, I

Arne Seitz

Enseignement et PhD Cours Advanced Microscopy for Life Science BIO-659 For further information, please get in contact with the instructor or have a look on the following web-site: http://biop.epfl.ch/ Bioimage informatics BIO-410 Le cours fournit une complète revue des méthodes, algorithmes et des outils logiciels utilisés en analyse d'images biologiques. Il expose les concepts fondamentaux et les solutions informatiques permettant d'extraire des informations quantitatives à

Romain Guiet

Expertise Development of BioImage Analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy images.BioSample Preparation : in vitro cell, organoid, time-lapse, fixation, staining strategies, actin, mitochondria, fluorescent protein expressionBioImage Acquisition : Widefield, Confocal, Whole Slide Imaging, Super-resolution (SIM, STORM, STED), FRET, FRAP, FLIMBioImage Analysis: Colocalisation analysis, Deconvolution, Time-lapse , Whole Slide ImagingTools & Software: ImageJ/Fiji, QuPath, i

Source officielle

Concepts associés (8)

Cancer du foie

Cet article donne une classification de différents types de cancer du foie. Carcinome hépatocellulaire : survient le plus souvent sur un terrain de cirrhose d'étiologie diverse : alcoolisme, hépatite B, hépatite C, hémochromatose. L'incidence élevée du Carcinome hépatocellulaire est aussi liée à la présence de l'aflatoxine, toxine produite par un champignon de type aspergillus . Ce champignon survit en formant un biofilm lui permettant d'échapper au système immunitaire, dans une infection de type aspergillose non invasive.

Foie

vignette|Le foie est en rouge sur cette représentation du système digestif humain. Le foie est le plus gros organe abdominal et fait partie de l'appareil digestif sécrétant la bile et remplissant plus de vitales, notamment les trois suivantes : une fonction d'épuration, une fonction de synthèse et une fonction de stockage. Il s'agit d'une glande amphicrine permettant la synthèse de la bile (rôle exocrine) ainsi que celle de plusieurs glucides et lipides (rôle endocrine). Il joue aussi un rôle important dans l'hémostase.

Marqueur tumoral

Un est une molécule qui peut être identifiée afin d’aider à trouver une tumeur. L'augmentation d'un marqueur tumoral dans le sang n'est pas toujours synonyme de présence ou évolution d'un cancer car ces s pourraient être élevés dans certaines maladies non cancéreuses, donc, en général, les marqueurs tumoraux ne sont ni spécifiques ni sensibles pour le diagnostic d'un cancer. Malgré leur rôle limité dans le diagnostic de cancer, ils peuvent être utiles pour détecter la récidive d'une maladie cancéreuse après le traitement initial, ou pour surveiller l'efficacité thérapeutique.

Transplantation hépatique

La transplantation hépatique, ou greffe du foie, est une intervention chirurgicale consistant à remplacer un foie malade par un foie sain, prélevé sur un donneur. La transplantation est utilisée comme traitement pour les cirrhoses en phase terminale, les hépatites fulminantes et d'autres syndromes métaboliques ou auto-immuns particuliers touchant le foie. Le foie étant le seul organe du corps humain possédant la capacité de se régénérer, il est possible de réaliser une transplantation hépatique à partir d'un greffon prélevé chez un donneur vivant.

Métastase (médecine)

Une métastase (du grec ancien : , de , « je change de place ») est, au sens large, une croissance cellulaire qui se produit à distance du site primaire de cette croissance et sans contact direct avec elle — cette définition inclut en principe les métastases infectieuses ou tumorales, qu’elles s’effectuent par voie hématogène ou lymphatique mais en clinique courante, l’usage du terme est restreint à la métastase cancéreuse.

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Séances de cours associées (7)

Développement du foie : mésenterie ventrale et lobes hépatiques

Explore le développement embryonnaire du foie, la formation de lobes hépatiques, les segments vasculaires et les implications chirurgicales.

Biologie du cancer: Signes et mécanismes

Couvre les caractéristiques du cancer, des oncogènes, des gènes suppresseurs de tumeurs, des métastases et des altérations génétiques à l'origine de la tumorigénèse.

Invasion et métastase : mécanismes et implications

Explore les mécanismes de l'invasion et des métastases du cancer, en mettant l'accent sur le rôle critique de l'adhésion cellulaire, du recâblage de signalisation et de l'organotropisme.

Qu'est-ce que le cancer? - De Palma

Explore la définition, la fréquence, la classification et les types de cancer, y compris les carcinomes, les sarcomes, les tumeurs malignes hématopoïétiques et les tumeurs neuroectodermiques.

Viscérale du foie

Explore l'anatomie du visage viscéral du foie et de la paroi abdominale antérieure.

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Concepts associés (8)

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Foie

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Métastase (médecine)

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