Séance de cours

Synchrotrons et techniques de rayons X

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Description

Cette séance de cours porte sur les techniques et les applications des synchrotrons et des lasers d'électrons libres à rayons X, en mettant l'accent sur des exemples de cristallographie tels que l'avenir du MX, les enzymes de consommation de plastique et l'impact des plastiques sur l'environnement. Il traite également des SAD de faible énergie, des structures enzymatiques déterminées à l'aide de MX, de l'ingénierie mutante des enzymes PETase et de l'utilisation de l'apprentissage profond pour améliorer l'efficacité enzymatique. En outre, il explore l'état actuel et les rôles futurs de la cristallographie macromoléculaire, les limites d'Alphafold2 dans la prédiction des structures protéiques complexes, et la validation des structures prédites in-silico. La séance de cours se termine par un résumé des points clés discutés.

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Concepts associés (32)

Cristallographie aux rayons X

La cristallographie aux rayons X, radiocristallographie ou diffractométrie de rayons X (DRX, on utilise aussi souvent l'abréviation anglaise XRD pour X-ray diffraction) est une technique d'analyse fondée sur la diffraction des rayons X par la matière, particulièrement quand celle-ci est cristalline. La diffraction des rayons X est une diffusion élastique, c'est-à-dire sans perte d'énergie des photons (longueurs d'onde inchangées), qui donne lieu à des interférences d'autant plus marquées que la matière est ordonnée.

Pollution plastique

thumb|Déchets plastiques au jardin botanique de Bogor en Indonésie (2018). La pollution par le plastique (ou « pollution plastique ») est une pollution engendrée par l'accumulation de déchets en matière plastique dans l'environnement. Il existe plusieurs formes et types de pollution plastique. Le système mondial de production, d'utilisation et d'élimination des matières plastique est un système défaillant. La pollution plastique est corrélée au faible coût du plastique, qui entraîne une utilisation massive et jetable de ce dernier.

Inhibiteur enzymatique

thumb|upright=1.2|Complexe d'une protéase du VIH (rubans rouges, bleus et jaunes) associée à l'inhibiteur qu'est le ritonavir (petite structure en bâtons et boules près du centre). Un inhibiteur enzymatique est une substance se liant à une enzyme et qui en diminue l'activité. Un inhibiteur peut empêcher la fixation du substrat sur le site actif en se fixant à sa place, ou provoquer une déformation de l'enzyme qui rend celle-ci inactive (inhibiteur allostérique).

Cinétique enzymatique

La cinétique enzymatique a pour objet d'identifier et de décrire les mécanismes des réactions biochimiques, catalysées par les enzymes (réaction enzymatique), en étudiant leur vitesse c'est-à-dire leur évolution en fonction du temps. En partant des enzymes isolées et en allant vers les systèmes métaboliques organisés et intégrés, la cinétique enzymatique permet de décrire quantitativement les propriétés catalytiques des enzymes et les mécanismes mis en place pour leur régulation.

Enzyme

redresse=1.5|vignette| Représentation d'une α-glucosidase () avec à sa droite le substrat au-dessus des produits de réaction . redresse=1.5|vignette|Diagramme d'une réaction catalysée montrant l'énergie E requise à différentes étapes suivant l'axe du temps t. Les substrats A et B en conditions normales requièrent une quantité d'énergie E1 pour atteindre l'état de transition A...B, à la suite duquel le produit de réaction AB peut se former. L'enzyme E crée un microenvironnement dans lequel A et B peuvent atteindre l'état de transition A.

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Séances de cours associées (64)

Protéines : structure et fonction

Explore la structure et la fonction des protéines, en mettant l'accent sur leurs divers rôles dans les organismes vivants.

Enzymes: Structure et fonction en microbiologie environnementale

Couvre la structure, la fonction et la classification des enzymes en microbiologie environnementale, en soulignant leur rôle catalytique et leur importance dans les processus biochimiques.

Pliage des protéines: mécanismes et conséquences

Explore le repliement des protéines, les conséquences du mauvais repliement, le rôle des chaperons et l'importance de l'ATP.

Hsp70 Chapérones moléculaires: Flexibilité et fonction de la configuration

Explore la flexibilité conformationnelle et fonctionnelle des chaperons moléculaires Hsp70, en se concentrant sur les intermédiaires repliables et le cycle fonctionnel Hsp70.

Interactions protéine-ligand: importance et affinité

Explore l'importance des interactions protéine-ligand, en se concentrant sur les affinités de liaison et les paysages énergétiques, avec des implications pour le développement et la spécificité des médicaments.

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Concepts associés (32)

Cristallographie aux rayons X

Pollution plastique

Inhibiteur enzymatique

Cinétique enzymatique

Enzyme

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