Séance de cours

Génomique : Structure et organisation de la chromatine

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Dans cours

BIO-373: Genetics and genomics

The theoretical part of this course covers classical genetics and contemporary genomics. Because bioinformatics has become important for genomic research, the course also includes practical applications to genomic analyses using Python, including group pro ...

Description

Cette séance de cours plonge dans le monde complexe de la structure et de l'organisation de la chromatine, explorant la conformation dynamique de l'ADN et son compactage dans le noyau humain. Il couvre des technologies comme Chromosome Conformation Capture et Hi-C, qui détectent les interactions et les boucles de chromatine. La séance de cours traite également des domaines topologiquement associés (TAD) et de leur rôle dans la régulation de l'expression des gènes. En examinant différentes couches d'organisation de la chromatine et la fonctionnalité des TAD, l'instructeur met en lumière la façon dont le compactage de la chromatine est atteint et sa nature non aléatoire. La session se termine par la mise en relation de l’état de la réglementation avec les composantes génomiques afin de construire un réseau réglementaire complet.

Enseignant·e·s (2)

Bart Deplancke

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Wenyu Liu, Théo Nass, Augoustina Maria Economou, Horia Hashimi, Timothée Ferrari, Loïc David, Laurine Cécile Florentine Van Gijn, Angelika Gebhart, Camille Lucie Germaine Lambert, Marie Denise Rumpler, Antoni Jakub Gralak, Elisa Bugani, Geoffray Marie-Devillard A dirigé les thèses EPFL de Jovan Simicevic, Carine Delattre-Gubelmann, Andreas Massouras, Irina Krier, Alina Isakova, Sebastian Martin Waszak, Rachana Narendra Pradhan, Adamandia Kapopoulou, Roel Bevers,

Jacques Fellay

Jacques Fellay is a medical scientist with expertise in infectious diseases and human genomics. He obtained his MD from the University of Lausanne in 2002 and his PhD from University of Utrecht. After a clinical training in infectious diseases in Switzerland and a 4-years postdoctoral fellowship at Duke University, he joined the EPFL in April 2011 with an SNF Professorship. On top of his EPFL affiliation, Jacques is also Head of Precision Medicine at the University Hospital (CHUV) in Lausanne, Group Leader at the Swiss Institute of Bioinformatics, and Co-director of the Health2030 Genome Center at Campus Biotech in Geneva.

Source officielle

Concepts associés (32)

Topologically associating domain

A topologically associating domain (TAD) is a self-interacting genomic region, meaning that DNA sequences within a TAD physically interact with each other more frequently than with sequences outside the TAD. The median size of a TAD in mouse cells is 880 kb, and they have similar sizes in non-mammalian species. Boundaries at both side of these domains are conserved between different mammalian cell types and even across species and are highly enriched with CCCTC-binding factor (CTCF) and cohesin.

Chromatine

alt=Compaction de l'ADN dans la chromatine|vignette|upright=1.9|Compaction de l'ADN au sein de la chromatine. De gauche à droite : l'ADN, le nucléosome, le nucléofilament, la fibre de 30 nm et le chromosome métaphasique. La chromatine est la structure au sein de laquelle l'ADN se trouve empaqueté et compacté dans le volume limité du noyau des cellules eucaryotes. La chromatine est constituée d'une association d'ADN, d'ARN et de protéines de deux types : histones et non-histones. C'est le constituant principal des chromosomes eucaryotes.

Remodelage de la chromatine

Le remodelage de la chromatine est l'un des trois mécanismes de modification de la structure de la chromatine. Intervenant d'abord au cours de l'étape de maturation de la chromatine, il permet l'obtention d'un certain état final de sa structure. Plusieurs protéines sont impliquées dans ce processus de remodelage (familles SW1/SNF, ISW1, INO, CHD). Ces protéines, appelées facteurs de remodelage de la chromatine, forment des complexes multi-protéiques et utilisent l'énergie libérée par l'hydrolyse de l'ATP pour induire des changements conformationnels au niveau du nucléosome et des domaines de la chromatine.

Isolateur (biologie)

vignette|250px En génétique moléculaire, les éléments isolateurs sont des séquences d'ADN qui se trouvent parfois entre deux gènes ou groupes de gènes, les protégeant ainsi des effets produits par les autres séquences régulatrices. Ces éléments agissent en tant que barrières génétiques empêchant les interactions entre les éléments enhancer/amplificateur et promoteur. Un isolateur doit résider entre un enhancer et promoteur afin d'inhiber leurs interactions ultérieures.

Expression génétique

L'expression des gènes, encore appelée expression génique ou expression génétique, désigne l'ensemble des processus biochimiques par lesquels l'information héréditaire stockée dans un gène est lue pour aboutir à la fabrication de molécules qui auront un rôle actif dans le fonctionnement cellulaire, comme les protéines ou les ARN. Même si toutes les cellules d'un organisme partagent le même génome, certains gènes ne sont exprimés que dans certaines cellules, à certaines périodes de la vie de l'organisme ou sous certaines conditions.

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Séances de cours associées (57)

Neuroépigénétique: Régulation de la Chromatine et Formation de Mémoire

Introduisez le rôle de la régulation de la chromatine dans la formation de la mémoire, les influences génétiques et épigénétiques sur l'apprentissage et le potentiel des inhibiteurs de l'HDAC en tant qu'améliorateurs cognitifs.

Régulation des gènes : Mécanismes de transcription et accessibilité de la chromatine MOOC: Les neurosciences reconstruites : Génétique et développement du cerveau

Explore la régulation des gènes grâce aux mécanismes de transcription et à l'accessibilité de la chromatine, en soulignant l'importance des facteurs de transcription et des réseaux de régulation des gènes.

Génomique : réseaux de régulation des gènes

Explore les réseaux de régulation des gènes, les interactions protéine-ADN et les éléments de régulation en génomique.

Génomique : Structure de la chromatine et éléments réglementaires

Couvre la structure de la chromatine, l'assemblage des histones et les éléments régulateurs de l'expression des gènes.

Transcription procaryote: opérons et facteurs sigma

Explore la transcription procaryote, les opérons, les facteurs sigma, la régulation des gènes et les boucles d'ADN dans les bactéries.

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Concepts associés (32)

Topologically associating domain

Chromatine

Remodelage de la chromatine

Isolateur (biologie)

Expression génétique

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