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Dans cours

BIO-695: Image Processing for Life Science

Registration details will be announced via email. It takes place yearly from Sept./October to December & intends to teach image processing with a strong emphasis of applications in life sciences. The idea is to enable the participants to solve image-proces ...

Description

Cette séance de cours présente des piles confocales 3D avec trois canaux, montrant un marqueur cellulaire cytosolique ou en vrac en bleu, un marqueur membranaire cellulaire en magenta et des nanoparticules en vert. Les cellules ont été traitées de deux manières différentes pour évaluer la pénétration des nanoparticules. L'objectif est de trouver une approche quantitative pour déterminer l'emplacement des nanoparticules.

Enseignant·e·s (4)

Olivier Burri

Expertise Development of bioimage analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy imagesTools & Software: ImageJ/Fiji, CellProfiler, ilastik, Imaris, Arivis, Matlab, RStudio, IntelliJ, Eclipse, Jupyter NotebooksProgramming languages:Java, Groovy, JavaScript, TypeScript, PHP, Python, R, C, C , Matlab, Bash Expertise Development of bioimage analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy imagesTools & Software: ImageJ/Fiji, CellProfiler, ilastik, I

Arne Seitz

Enseignement et PhD Cours Advanced Microscopy for Life Science BIO-659 For further information, please get in contact with the instructor or have a look on the following web-site: http://biop.epfl.ch/ Bioimage informatics BIO-410 Le cours fournit une complète revue des méthodes, algorithmes et des outils logiciels utilisés en analyse d'images biologiques. Il expose les concepts fondamentaux et les solutions informatiques permettant d'extraire des informations quantitatives à

Romain Guiet

Expertise Development of BioImage Analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy images.BioSample Preparation : in vitro cell, organoid, time-lapse, fixation, staining strategies, actin, mitochondria, fluorescent protein expressionBioImage Acquisition : Widefield, Confocal, Whole Slide Imaging, Super-resolution (SIM, STORM, STED), FRET, FRAP, FLIMBioImage Analysis: Colocalisation analysis, Deconvolution, Time-lapse , Whole Slide ImagingTools & Software: ImageJ/Fiji, QuPath, i

Nicolas René Chiaruttini

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Biologie cellulaire: Membrane (biologie)

Concepts associés (28)

Membrane plasmique

La membrane plasmique, également appelée membrane cellulaire, membrane cytoplasmique, voire plasmalemme, est une membrane biologique séparant l'intérieur d'une cellule, appelé cytoplasme, de son environnement extérieur, c'est-à-dire du milieu extracellulaire. Cette membrane joue un rôle biologique fondamental en isolant la cellule de son environnement.

Membrane hémi-perméable

Semipermeable membrane is a type of biological or synthetic, polymeric membrane that will allow certain molecules or ions to pass through it by osmosis. The rate of passage depends on the pressure, concentration, and temperature of the molecules or solutes on either side, as well as the permeability of the membrane to each solute. Depending on the membrane and the solute, permeability may depend on solute size, solubility, properties, or chemistry. How the membrane is constructed to be selective in its permeability will determine the rate and the permeability.

Canal sodium

Un canal sodium, ou sodique, est un canal ionique spécifique aux ions sodium. Il en existe de plusieurs types. Le premier à avoir été décrit est le canal sodique du potentiel d'action, responsable entre autres de la dépolarisation du neurone et du myocyte, de la propagation du signal nerveux et de la propagation de l'activation électrique du myocarde. thumb|Vue schématique du canal sodique La sous-unité Alpha constituée de quatre domaines et formant le pore central du canal ainsi que ses deux sous-unités béta Il faut différencier les canaux sodium stricts des canaux perméants aux cations, c’est-à-dire principalement sodium et potassium.

Méthode de séparation membranaire

Les méthodes de séparation membranaire sont un procédé de séparation de fluides utilisant comme agent séparant une membrane synthétique qui est une couche mince de matière. L’épaisseur d’une membrane peut varier de à un peu plus de . Elle permet l’arrêt ou le passage sélectif de certaines substances dissoutes ou non dans un mélange, entre les deux milieux qu’elle sépare. La partie du mélange retenue par la membrane est appelée rétentat (ou concentrat) alors que celle qui traverse cette dernière est appelée perméat.

Membrane (chimie)

Une membrane est une structure de faible épaisseur, relativement à sa taille, séparant deux milieux en empêchant toute la matière dans le cas de certaines membranes biologiques, ou seulement une partie de la matière de passer de l'un à l'autre des milieux en fonction de la largeur de ses pores et de son épaisseur. Le concept de membrane date du , mais n’a été utilisé, pour les membranes synthétiques, massivement en dehors des laboratoires qu'à partir de la seconde guerre mondiale.

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Séances de cours associées (64)

Fusion de membranes cellulaires : expérience Frye & Edidin

Explore l'expérience Frye & Edidin sur la fusion des membranes cellulaires, le modèle de mosaïque de fluides, la fluidité membranaire, l'influence du cholestérol et la perméabilité sélective.

Canaux ioniques: Structure et fonction

Explore la biophysique des canaux ioniques et leur rôle vital dans la signalisation neuronale et les processus physiologiques.

Ingénierie avec des composants cellulaires: protéines, lipides et ADN

Explore les principes fondamentaux de la biologie, les protéines, les lipides et l'ADN en tant que matériaux synthétiques, couvrant la structure cellulaire, la composition membranaire, la production de protéines, la structure de l'ADN et l'ingénierie tissulaire.

Potentiel membranaire de repos

Discute du potentiel de la membrane au repos, des canaux ioniques et de la pompe Na+/K+.

Transformations énergétiques : ATP et travail cellulaire

Explore les grands thèmes de la biologie, en mettant l'accent sur les transformations énergétiques au sein des systèmes cellulaires et le rôle crucial de l'adénosine triphosphate (ATP).

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Concepts associés (28)

Membrane plasmique

Membrane hémi-perméable

Canal sodium

Méthode de séparation membranaire

Membrane (chimie)

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