Séance de cours

Réseaux d'interaction protéique-protéine

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Dans cours

BIO-212: Biological chemistry I

Biochemistry is a key discipline for the Life Sciences. Biological Chemistry I and II are two tightly interconnected courses that aim to describe and understand in molecular terms the processes that make life possible. ...

Description

Cette séance de cours se penche sur l'importance des réseaux d'interaction protéines-protéines dans le contrôle des processus cellulaires, en mettant l'accent sur la cartographie des interactions entre différents organismes. Il explore l'importance de la liaison dans les processus cellulaires, les approches expérimentales comme la purification de l'affinité Tandem et les limites des techniques biochimiques traditionnelles. La séance de cours porte également sur le séquençage des peptides par ESI-MSMS, la purification des complexes protéiques et la construction de réseaux d'interaction. Il traite de l'identification des cibles médicamenteuses au moyen de cartes d'interaction protéines-protéines, mettant en évidence les défis et les implications de ces résultats.

Enseignant·e·s (4)

Bruno Emanuel Ferreira De Sousa Correia

Throughout my PhD and postdoctoral studies I was trained in world-renowned laboratories and institutions in the United States of America (University of Washington and The Scripps Research Institute). Very early in my scientific career I found out my fascination about protein structure and function. My PhD studies evolved in the direction of immunogen design and vaccine engineering which sparked my interest in the many needs and opportunities in vaccinology and translational research. My efforts resulted in an enlightening piece of work where for the first time, computationally designed immunogens elicited potent neutralizing antibodies. During my postdoctoral studies I joined a chemical biology laboratory at the Scripps Research Institute. In this stage I developed novel chemoproteomics methods for the identification of protein-small molecule interaction sites in complex proteomes. In March 2015, I joined the École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) – Switzerland as a tenure track assistant professor. The focus of my research group is to develop computational tools for protein design with particular emphasis in applying these strategies to immunoengineering (e.g. vaccine and cancer immunotherapy). The activities in my laboratory focus on computational design methods development and experimental characterization of the designed proteins. Our laboratory has been awarded with 2 prestigious research grants from the European Research Council. Lastly, I have been awarded the prize for best teacher of Life sciences in 2019.

Giovanni D'Angelo

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Mélissa Ruiz, Gary Domeniconi, Irmak Kaysudu, Alessandro Valente, Surayyo Akramkhanova, Jean Andrea Maillat, Linda Wedemann, Manel Leila Nadia Boussouf, Jiayan Lin, Nika Gorsek, Christina Ulrich, William Daniel Chan-Ha Verdier A dirigé les thèses EPFL de Laura Capolupo, Jaipreet Singh Loomba, Halima Hannah Emilie Schede A co-dirigé les thèses EPFL de Muhammad Umair Anwar Cours Biological chemistry II BIO-213 La biochimie est une discipline clé da

Aleksandar Antanasijevic

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Camilla Di Giulio, Kiruthika Kumar, Yash Garodia Cours Biological chemistry I BIO-212 La biochimie est une discipline clé dans les sciences de la vie. La chimie biologique I et II sont deux cours étroitement interconnectés qui visent à comprendre en termes moléculaires les processus qui rendent la vie possible. General chemistry for SV CH-100 Ce cours couvre les notions de chimie générale, relatives à la matière et sa structure, l

Source officielle

Concepts associés (32)

Conception de médicament

La conception de médicament, plus précisément conception de substance pharmacologiquement active plus connue sous sa dénomination anglaise Drug design est l'ensemble des processus nécessaires à l'élaboration d'un médicament. Dans l'industrie pharmaceutique, ces processus peuvent-être subdivisés et répartis en quatre phases ou étapes : La phase de recherche La phase de développement La phase clinique La phase de mise sur le marché Remarque : Les phases de recherche et développement sont communément dénommées R&D.

Cible thérapeutique

Une cible thérapeutique est un élément quelconque d'un organisme auquel se fixe prioritairement une entité modifiant son comportement, tel qu'un ligand endogène, un médicament ou une drogue. Un exemple de cible thérapeutique courante sont les protéines et les acides nucléiques. La définition dépend du contexte et peut référer à la cible d'un médicament, la cible d'une hormone (comme l'insuline), ou la cible de stimulus externe. Le principe est que la cible est "touchée" par un signal et qu'ainsi sa fonction et son attitude sont changées.

Drug discovery

In the fields of medicine, biotechnology and pharmacology, drug discovery is the process by which new candidate medications are discovered. Historically, drugs were discovered by identifying the active ingredient from traditional remedies or by serendipitous discovery, as with penicillin. More recently, chemical libraries of synthetic small molecules, natural products or extracts were screened in intact cells or whole organisms to identify substances that had a desirable therapeutic effect in a process known as classical pharmacology.

Protéine

redresse=1.36|vignette|Représentation d'une protéine, ici deux sous-unités d'une molécule d'hémoglobine. On observe les représentées en couleur, ainsi que deux des quatre molécules d'hème, qui sont les groupes prosthétiques caractéristiques de cette protéine. redresse=1.36|vignette|Liaison peptidique –CO–NH– au sein d'un polypeptide. Le motif constitue le squelette de la protéine, tandis que les groupes liés aux sont les chaînes latérales des résidus d'acides aminés.

Protein–lipid interaction

Protein–lipid interaction is the influence of membrane proteins on the lipid physical state or vice versa.

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Séances de cours associées (32)

Microscopie électronique à balayage: signaux et détecteurs

Couvre les principes de la microscopie électronique à balayage, y compris les signaux SEM, les détecteurs et le spectre d'énergie des électrons, ainsi que l'efficacité de la génération de rayons X.

Techniques d'étiquetage des protéines

Couvre les techniques d'étiquetage des protéines en utilisant des pièces d'auto-étiquetage comme FIASH et SNAP.

Raisonnement du programme d'aide à l'apprentissage

Explore la recherche de bugs, la vérification et l'utilisation d'approches aidées à l'apprentissage dans le raisonnement de programme, montrant des exemples comme le bug Heartbleed et le raisonnement bayésien différentiel.

Turbulence : Simulation numérique de flux

Explore les caractéristiques de la turbulence, les méthodes de simulation et les défis de modélisation, fournissant des lignes directrices pour le choix et la validation des modèles de turbulence.

Mécanobiologie : introduction et réponses cellulaires

Introduit la mécanobiologie, couvrant les réponses cellulaires aux stimuli mécaniques et les propriétés mécaniques des tissus vivants.

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Protein–lipid interaction

Protein–lipid interaction is the influence of membrane proteins on the lipid physical state or vice versa.

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