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L'histone H2A est l'un des cinq types de protéines histones qui font partie de la structure de la chromatine des cellules eucaryotes. L'histone H2A est trouvée dans l'octamère de nucléosomes qui constituent la chromatine. Dans chaque octamère il existe deux copies de cette histone, qui s'associent à l'histone H2B. H2A est considérée comme histone "de cœur", avec H2B, H3 and H4. La formation de la particule de cœur survient en premier lieu lors de l'interaction entre deux molécules H2A. vignette|La protéine H2AFJ faisant partie d'un nucléosome. L'histone H2A présente des variantes non alléliques. Le terme "histone H2A" est générique; parmi ses variantes les plus notables, qui ne diffèrent que par quelques acides aminés, on trouve H2A.1, H2A.2, H2A.X, H2A.Z, H2A.Bbd (macroH2A). Dans les cellules différenciées la composition des variantes présentes varie. Cette situation a été observée dans les neurones en différenciation ; les changements dans la composition des variantes affectent l'histone H2A.1, et la seule variante qui reste constante au cours de la différenciation neuronale est l'histone H2AZ. La variante H2AZ est échangée contre la variante de l'octamère classique H2A; cette variante est importante pour le silençage génique. De récentes recherches suggèrent qu'H2AZ est incorporé dans le nucléosome à l'aide de Swr1, qui est un adenosine triphosphatase liée à Swi2/Snf2 qui fait partie d'un complexe enzymatique. Une autre variante de H2A identifiée est H2AX. Cette variante a une extension ou queue C-terminale qui est utilisée pour la réparation de l'ADN. La méthode de réparation qui utilise cette variante est l'union des extrémités non homologues. Les dommages directs à l'ADN peuvent induire des changements dans les variantes de séquence. Les expériences réalisées avec des rayonnements ionisants ont associé la γ-phosphorylation de H2AX avec des cassures de l'ADN double-brin. Une grande quantité de la chromatine est impliquée dans chaque coupure double brin; et une réponse aux dommages de l'ADN est la formation de foci γ-H2AX.