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vignette|Femelle de , une des très nombreuses espèces de petites guêpes (parasitoïdes de la famille des Pteromalidae, souvent spécialisées dans le parasitage d'une seule autre espèce d'insectes). vignette|Diagramme simplifié des six principales interactions biologiques. Le parasitisme (du grec ancien : , « à côté », et , « grain, blé, pain, nourriture », signifiant littéralement « qui prend la nourriture à côté de » et désignant à l'origine une fonction honorifique, celle de l’officier chargé de l'alimentation au prytanée d'Athènes) est une relation biologique durable entre deux êtres vivants hétérospécifiques où un des protagonistes — le parasite — tire profit d'un organisme hôte pour se nourrir, s'abriter ou se reproduire. Cette relation aura un effet négatif pour l’hôte. Les organismes qui ne sont pas parasites sont qualifiés de « libres ». On trouve des parasites dans l'ensemble du monde vivant. Certains groupes sont composés quasi exclusivement de parasites (exemples : les plathelminthes monogènes), bien que la plupart comportent à la fois des espèces parasites et libres (exemple : les nématodes). Les vertébrés comportent très peu d'espèces parasites : les chauves souris hématophages se nourrissent du sang d'autres espèces, les lamproies rongent la peau de poissons pélagiques, les poissons-vampires (ou candirús) sucent le sang de gros siluridés amazoniens, certains poissons-perles (ou aurins) parasitent des holothuries. De nombreux parasites peuvent modifier le comportement de leur hôte, à l'avantage du parasite, phénomène maintenant classé parmi les interactions durables. Bien que plus rarement utilisée, la définition du parasitisme correspond parfaitement aux interactions qui existent entre un virus ou une bactérie pathogène et son hôte. Les parasites sont parfois eux-mêmes victimes d'autres parasites, qui sont alors dits hyperparasites. On appelle parasitoïdes les organismes qui, au cours de leur développement, tuent systématiquement leur hôte, ce qui les fait sortir du cadre du parasitisme au sens strict.
[2]Paolo Prandoni, [3]LCAV, EPFL
In [1]:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import scipy.signal as sp
import seaborn as sns
sns.set()
In [2]:
plt.rcParams["figure.figsize"] = (14,4)
The basic reproduction number[4]¶
The propagation mechanism of an epidemic such as the one caused by
SARS-CoV-2 virus can be roughly modeled, at least in its inital phase,
as a process in which each infected individ