Anne-Florence Raphaëlle BitbolI was trained in physics, and always had a strong interest in biology. I am broadly interested in understanding biological phenomena in a quantitative way, through physical concepts and mathematical and computational tools. I investigate the relative impacts of optimization and historical contingency in biological evolution, both at the scale of protein sequences and at the scale of microbial populations.Here is my research group website.Curriculum vitae Here is my complete CV. Professional experience:Since
Didier TronoAprès des études de médecine à l’Université de Genève et une formation clinique en pathologie, médecine interne et maladies infectieuses à Genève et au Massachusetts General Hospital de Boston, Didier Trono s’engage dans une carrière scientifique au Whitehead Institute du MIT. En 1990, il est recruté par le Salk Institute de San Diego pour lancer un centre de recherche sur le SIDA. Il rentre en Europe sept ans plus tard, avant de prendre en 2004 les rênes de la toute nouvelle faculté des Sciences de la Vie de l’EPFL, dont il orchestre le développement et qu’il dirige jusqu’en 2012. Il participe aujourd’hui activement à la coordination des efforts de la Suisse en vue de l’intégration des nouvelles technologies dans le domaine de la médecine de précision et de la santé personnalisée.
Benoît Jean Dominique FerrariBiologiste et biochimiste de formation, Benoît J.D. Ferrari a obtenu son diplôme de doctorat en Ecotoxicologie à lUniversité de Lorraine (Metz, France) en 2000 en travaillant sur le développement dune approche dévaluation du danger écotoxique des déchets solides utilisant une batterie de bioessais dans le cadre dun projet interdisciplinaire suivi par lAgence de lEnvironnement et de la Maîtrise de lEnergie (ADEME). Après avoir passé presque 7 années à Irstea (anciennement Cemagref) à Lyon en France (périodes 2000-2002 et 2008-2013) et avoir occupé un poste de Maitre-assistant à lInstitut F.A. Forel à Genève (2002-2008), il a acquis au travers des projets franco-suisses et européens quil a (co-)pilotés une expérience forte dans le domaine de lécotoxicologie et dans les approches pluridisciplinaires. En Octobre 2013, il rejoint le Centre Suisse dEcotoxicologie Appliquée (Centre Ecotox Eawag/EPFL) en tant que responsable du groupe Sol et Sédiment. Sintéressant à létude de lécodynamique des contaminants et leurs effets sur lécophysiologie des organismes, ses compétences et ses thématiques de recherche appliquée couvrent aujourdhui :
Le développement dindicateurs écotoxicologiques dexposition et deffets pour évaluer le stresse chimique
Lintégration des indicateurs écotoxicologiques dans des approches de laboratoire et de terrain pour le diagnostic de la qualité des écosystèmes
Le développement de bioessais adaptés pour le biomonitoring actif
Le transfert de compétence vers la sphère opérationnelle (formation).
Régis Lionel VivienExpertise
Systématique classique (oligochètes aquatiques)Ecologie aquatiqueSystématique moléculaireEcotoxicologie des sédiments
Mission
Réalisation de projets de recherche dans les domaines de la systématique, écologie et écotoxicologie:- Application, validation et développement de méthodes biologiques basées sur l'étude des communautés d'oligochètes pour l'évaluation de la qualité des sédiments des cours d'eau et des lacs (sédiment fins/sableux ; sédiments grossiers/milieu hyporhéique)- Développement d'ind
Kathryn Hess BellwaldKathryn Hess Bellwald received her PhD from MIT in 1989 and held positions at the universities of Stockholm, Nice, and Toronto before moving to the EPFL.Her research focuses on algebraic topology and its applications, primarily in the life sciences, but also in materials science. She has published extensively on topics in pure algebraic topology including homotopy theory, operad theory, and algebraic K-theory. On the applied side, she has elaborated methods based on topological data analysis for high-throughput screening of nanoporous crystalline materials, classification and synthesis of neuron morphologies, and classification of neuronal network dynamics. She has also developed and applied innovative topological approaches to network theory, leading to a powerful, parameter-free mathematical framework relating the activity of a neural network to its underlying structure, both locally and globally.In 2016 she was elected to Swiss Academy of Engineering Sciences and was named a fellow of the American Mathematical Society and a distinguished speaker of the European Mathematical Society in 2017. In 2021 she gave an invited Public Lecture at the European Congress of Mathematicians. She has won several teaching prizes at EPFL, including the Crédit Suisse teaching prize and the Polysphère d’Or.
Olivier VerscheureEnseignement et PhD Cours Data science pour ingénieurs avec Python ENG-209 Ce cours propose une immersion progressive et complète dans le domaine de la Data Science à travers le langage Python. Il guide les étudiants depuis la manipulation de données brutes jusqu'à la modélisation et l'extraction de connaissances utiles à partir de données réelles. Large-scale data science for real-world data COM-490 Ce cours pratique couvre outils et méthodes des data scientists, de la reche
Rizlan Bernier-LatmaniHIGHER EDUCATION
Summer course: Advances in Genome Technology and Bioinformatics Course at the Marine Biology Laboratory in Woods Hole, MA. October 2005.
Ph.D. 2001 Civil and Environmental Engineering, Stanford University, CA
(Advisor, Jim Leckie, Biodegradation of uranyl (UO22 )-complexed citrate and implications for uranyl mobility in the subsurface)
M.S. 1995 Civil and Environmental Engineering, Stanford University, CA
B.S. 1993 Natural Resources with Honors, Cornell University, Ithaca, NY
PROFESSIONAL EMPLOYMENT
2013-present Associate professor with tenure, School of Architecture, Civil and Environmental Engineering, Swiss Federal Institute of Technology, Lausanne
2005-2013 Assistant professor tenure track, School of Architecture, Civil and Environmental Engineering, Swiss Federal Institute of Technology, Lausanne
2001-2005 Post-Graduate Researcher, Scripps Institution of Oceanography, La Jolla, CA (PI: Brad Tebo)
1995-2001 Graduate Research Assistant, Stanford University (Advisor: Jim Leckie)
RESEARCH INTERESTS
Gemicrobiology, metal-bacteria interactions, biological reduction and oxidation of metals, biological nanoparticle formation; Characterization of microbial communities in terrestrial environments; Using genomic, microscopic and spectroscopic tools to understand metal transformations by microorganisms.
ACADEMIC HONORS
Rotary Foundation University Professor grant, 2004.
Swiss National Science Foundation Post-doctoral Fellowship, 2001.
Leon B. Reynolds Memorial Scholarship in the School of Engineering at Stanford University, 1995-96.
Graduated with Honors from Cornell University, 1993.
BIBLIOMETRY
http://www.researcherid.com/rid/E-4398-2011
ResearcherID: E-4398-2011 Hannes Markus PeterEnseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Zhe Liu, Aleksei Dukat, Martin Boutroux, Jingyi Hou, Léa Francomme, Stefan Eckensperger, Lisa Theis A co-dirigé les thèses EPFL de David Scheidweiler, Anna Depetris, Jade Brandani, David Touchette Cours Hidden rivers PENS-219 Hidden Rivers vise à répondre au besoin d'une compréhension interdisciplinaire des problématiques liées aux cours d'eau urbains, à travers les relations écologiques, hydrologiques et spatiales que l'on retrouve dans les pays
Bruno LemaitreExpertise
Directeur du Global Health Institute
Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Blandine Ribotta, Yao Tian, Désirée Popelka, Prince Kumar Sah, Siqi Wang, Kenan Krakovic, Nathan Alexandre Klotz A dirigé les thèses EPFL de Sveta Chakrabarti, Olivier Binggeli, Jeremy Keith Herren, Juan Camilo Paredes Escobar, Alfred Chng, Maroun Bou Sleiman, Jan Paul Dudzic, Mario Gonzalo Garcia Arraez, Claudia Melcarne, Alice Marra, Bianca Marie Petrignani, Mark Austin Hanson, Alexia Laurie Carboni, Asya Dolgikh
Alexandre Buttler
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Natacha PascheDr. Natacha Tofield Pasche est une limnologiste, qui s'intéresse particulièrement aux processus biogeochimiques dans les lacs. Ingénieure en Environnement de l'EPFL, elle a réalisé son doctorat sur le cycle des nutriments et la production de méthane au lac Kivu . Au Rwanda de 2009 à 2013, elle a créé un programme de surveillance pour limiter les impacts potentiels de l'extraction du méthane dans le lac Kivu. Depuis le septembre 2013, elle est l'Adjointe du Directeur du Centre de Limnologie à l'EPFL. Elle a coordonné la science, la logistique des campagnes de mesures et les finances de deux larges programmes de recherche. Le premier visait à comprendre la vie sous la glace lacustre face au réchauffement climatique, et le deuxième avait pour but de cartographier la qualité des eaux des lacs avec des images aériennes novatrices. En tant que cheffe de projet, elle a piloté la création de la plateforme LéXPLORE pour des mesures innovantes sur le Léman et coordonne les différents projets de recherche.
Stewart ColeProfessor Stewart Cole is an international authority in bacterial molecular-genetics and genomics. He has made outstanding contributions in several fields including: bacterial anaerobic electron transport; genome analysis of retroviruses and papillomaviruses; antibiotic resistance mechanisms; and the molecular microbiology of toxigenic clostridia. His studies on isoniazid and multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis, together with his pioneering work on the pathogenicity, evolution and genomics of the tubercle and leprosy bacilli, have made him an undisputed leader in the field of mycobacterial research. The findings of his research are of direct relevance to public health and disease-control in both the developing world and the industrialised nations. He has published over 250 scientific papers and review articles, and holds many patents.
Pascal FrossardTeaching & PhD PhD Students Yiming Qin, Alba Carballo Castro, Elisa Messori, Ke Wang, Sevda Ögüt, Tuna Alikasifoglu, William Cappelletti, Manuel Madeira, Mahdi Amiri, Ortal Yona Senouf, Vasiliki Rizou, Cem Bilaloglu, Abdellah Rahmani, Amel Abdelraheem, Jérémy Jean Philippe Baffou, Adam Hazimeh, Vincent Jung, Yike Zhao Past EPFL PhD Students Dan Jurca, Jean-Paul Wagner, Ivana Radulovic, Ivana Tosic, Effrosyni Kokiopoulou, Zafer Arican, Vijayaraghavan Thirumalai, Tamara Tosic, Eirina Bourtsoulatze, Elif Vur
Bastien MangeatEnseignement et PhD Cours Methods: omics in biomedical research BIOENG-519 Les méthodologies à haut débit, appelées "Omiques", permettent de caractériser la complexité et la dynamique de tout système biologique. Ce cours fournira une description générale des méthodes liées au domaine des "Omiques", suivie de rotations pratiques dans les plateformes participantes.
