Phyla bactériens

alt=|vignette|500x500px|Arbre phylogénétique illustrant la diversité des bactéries (en bleu), comparée aux autres organismes (eucaryotes en rouge et archées en vert). Les phyla bactériens constituent les principaux taxons, au niveau du phylum, du domaine des Eubacteria. Dans la classification scientifique du vivant établie par Linné, chaque souche bactérienne est assignée à une espèce (nomenclature binominale), correspondant à un niveau inférieur dans la hiérarchie des groupes taxonomiques. À l'heure actuelle, le système de méga-classification le plus accepté dans la communauté scientifique correspond au modèle à trois domaines, basé sur la phylogénétique moléculaire. Dans ce système, les bactéries font partie du domaine Bacteria et le "phylum" est le rang taxinomique inférieur au domaine, maintenant que le rang "règne" est devenu désuet dans la taxonomie bactérienne actuelle. Lorsque la nomenclature bactérienne était gérée par le Code Botanique, on utilisait le terme "division", mais aujourd'hui la nomenclature bactérienne (à l'exception des cyanobactéries) est gérée par le Code Bactériologique et on préfère le terme « phylum ». Dans ce schéma de classification, les Bacteria sont (non-officiellement) subdivisées en 30 phyla avec chacun au moins un représentant cultivé en laboratoire. Chaque clade majeur de bactéries ne pouvant pas, à l'heure actuelle, être cultivé en laboratoire, est connu seulement et de façon assez indirecte par la métagénomique, c'est-à-dire l'analyse d'échantillons en vrac issus de l'environnement. Si l'on inclut les phyla candidats dans ces clades possibles, le nombre de phyla atteint 52 voire plus. Ainsi, le nombre de phyla principaux n'a cessé d'augmenter, partant de 12 en 1987, atteignant 30 en 2014, et dépassant 50 si l'on inclut les phyla candidats. Le nombre total a été estimé à plus de 1000 phyla bactériens, dont plus de la moitié reste donc à découvrir.