Électrophorèse sur gel d'agarose

vignette|Cuve remplie de tampon et transformateur utilisés pour l'électrophorèse sur gel d'agarose. L'électrophorèse sur gel d'agarose est une méthode utilisée en biochimie et en biologie moléculaire pour séparer l'ADN, l'ARN ou des protéines en fonction de leur masse moléculaire. La technique de l'électrophorèse sur gel d'agarose est basée sur la séparation des acides nucléiques chargés négativement sous l'effet d'un champ électrique. Cette séparation s'effectue à travers la matrice du gel d'agarose : les molécules de plus petites tailles se déplacent plus rapidement et migreront plus loin que les molécules de tailles supérieures. Estimation de la masse moléculaire de fragment d'ADN après une digestion par des enzymes de restriction Analyse d'ADN après une amplification par PCR Séparation de fragments ADN digérés avant Southern blot ou d'ARN dans le cas de Northern Blot. Les avantages de l'électrophorèse sur gel d'agarose sont les suivants : préparation aisée, rapide, et peu coûteuse des gels d'agarose ; pas de dénaturation des échantillons ; l'agarose plus ferme et moins toxique que le gel de polyacrylamide ; les échantillons peuvent être récupérés en vue d'analyses supplémentaires. Le facteur le plus important est la longueur de la molécule d'ADN : la séparation se fait en fonction de la masse moléculaire et donc de la taille de l'ADN. Toutefois la conformation de l'ADN est aussi un facteur important. Ainsi pour éviter les problèmes liés à cette conformation, n'est séparé sur gel d'agarose uniquement que de l'ADN linéaire (fragment d'ADN issu d'une digestion, ADN amplifié par PCR ou encore de l'ADNc). L'augmentation de la concentration d'agarose dans un gel réduit la vitesse de migration et permet la séparation de fragment d'ADN de plus petite taille. Plus le voltage est important, plus la vitesse de migration augmente. Toutefois le voltage est limité en intensité, effectivement un fort voltage induit une augmentation de température ce qui peut faire fondre le gel.