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La spectroscopie de corrélation croisée de fluorescence (SCCF) a été introduite en 1994 par Eigen et Rigler et appliquée expérimentalement en 1997 par Petra Schwille. Il s'agit essentiellement d'une extension de la méthode de spectroscopie de corrélation de fluorescence (SCF) consistant à utiliser deux molécules de couleurs distinctes, au lieu d'une seule. En d'autres termes, les fluctuations d'intensité verte et rouge de molécules distinctes sont corrélées si les particules marquées vert et rouge se déplacent ensemble dans un volume confocal prédéfini. En conséquence, la SCCF permet de mesurer avec une haute sensibilité les interactions moléculaires indépendamment du taux de diffusion. Il s'agit d'un progrès important, dû au fait que le taux de diffusion ne dépend que faiblement de la taille du complexe moléculaire. La SCCF utilise deux espèces qui sont marquées indépendamment avec deux sondes fluorescentes de couleurs différentes. Ces sondes fluorescentes sont excitées et détectées par deux sources de lumière laser et détecteurs différents, généralement étiquetés « verts » et « rouges ». Généralement, un microscope confocal est utilisé pour fournir des volumes focaux vert et rouge qui se chevauchent pour l'excitation. où les signaux fluorescents différentiels à un temps donné et à un temps décalé de sont corrélés. En l'absence de recouvrement spectral, la fonction de corrélation croisée est nulle pour les particules qui n'interagissent pas. Contrairement au SCF, la fonction de corrélation croisée augmente avec l'augmentation du nombre de particules en interaction. La SCCF est principalement utilisé pour la mesure des interactions biomoléculaires que ce soit dans les cellules vivantes ou in vitro. Elle peut être utilisée pour mesurer des stœchiométries moléculaires simples et des constantes de liaison. Il s'agit de l'une des rares techniques qui peuvent fournir des informations sur les interactions entre protéines à un moment et à un endroit précis dans une cellule vivante.