Étude d'association pangénomique

Une étude d'association pangénomique (en anglais genome-wide association study, GWAS) est une analyse de nombreuses variations génétiques chez de nombreux individus, afin d'étudier leurs corrélations avec des traits phénotypiques. Ces études se concentrent généralement sur les associations entre les polymorphismes nucléotidiques (SNP) et des phénotypes tels que les maladies humaines majeures. En effet, quand elle est appliquée sur des données humaines, une comparaison de séquences d’ADN se fait entre individus ayant plusieurs phénotypes différents pour un même caractère, la taille par exemple. Cette comparaison a pour but d’identifier les variants génétiques les plus fréquemment associés avec le phénotype observé, on parle alors d’une approche « phénotype en premier ». Cette approche consiste à catégoriser les patients selon leur signes cliniques, et de les corréler avec des SNP à l’inverse de l’approche « génotype en premier ». Par exemple, l'étude d'association pangénomique « CoLaus » (cohorte lausannoise) cherche des associations entre les données médicales et génétiques d'une cohorte de plus de personnes. Les échantillons d’ADN de chaque personne sont alors collectés et déposés sur des puces à ADN contenant des millions de sondes auxquelles les variants génétiques vont s’hybrider et être détectés par fluorescence. Une GWAS est appliquée sur l’entièreté du génome, ce qui permet d’obtenir un pourcentage plus élevé de variance expliquée pour des traits quantitatifs contrôlés par plusieurs gènes. Néanmoins, les GWAS ne donnent pas une relation de causalité du SNP à son caractère mais renseignent plutôt sur les variants corrélés avec ce trait. Pour faire une étude d’association pangénomique il faut disposer d'une cohorte, c’est-à-dire des milliers d'individus à partir desquels de l’ADN pourra être collecté. L'approche la plus commune est l’étude cas-témoins, qui compare deux grands groupes d'individus, un groupe témoin en bonne santé et un groupe de cas affecté par une maladie. Il faut également disposer de marqueurs génétiques, ici des SNPs connus.