Protein Data Bank

La banque de données sur les protéines ou BDP du Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, plus communément appelée Protein Data Bank ou PDB est une collection mondiale de données sur la structure tridimensionnelle (ou structure 3D) de macromolécules biologiques : protéines, essentiellement, et acides nucléiques. Ces structures sont essentiellement déterminées par cristallographie aux rayons X ou par spectroscopie RMN. Ces données expérimentales sont déposées dans la PDB par des biologistes et des biochimistes du monde entier et appartiennent au domaine public. Leur consultation est gratuite et peut se faire directement depuis les sites internet de la banque : Europe : PDBe ; Japon : PDBj ; États-Unis : RCSB PDB. La PDB est la principale source de données de biologie structurale et permet en particulier d’accéder à des structures 3D de protéines d’intérêt pharmaceutique. Fondée en 1971 par le Laboratoire national de Brookhaven, la Banque de données des protéines a été transférée en 2003 au projet Worlwide Protein Data Bank (wwPDB), qui se compose de PDBe, PDBj, RCSB PDB et BMRB pour la RMN. Le financement est assuré par la National Science Foundation, le département de l'Énergie, la National Library of Medicine et le . L’Institut européen de bio-informatique (European Bioinformatics Institute, EBI), au Royaume-Uni, et l'Institute for Protein Research, au Japon, collectent et traitent également les fichiers de données structurales. La Worlwide Protein Data Bank (wwPDB) comprend trois organisations membres qui sont des centres de dépôt, de traitement et de distribution des données de la PDB : RCSB, aux États-Unis, PDBe, Protein Databank in Europe - EBI, Europe, et PDBj, Protein Data Bank Japan, au Japon. La mission de la wwPDB est de maintenir à jour une archive PDB unique de données structurales macromoléculaires, accessible gratuitement et publiquement pour l’ensemble de la communauté. À l’origine en 1971 la PDB contient sept structures. Le nombre de structures déposées augmente considérablement à partir des années 1980.